SailVina - Autodock Vina分子对接全套整合软件
在线文档见:githubxxx
- 介绍
SailVina只是一个带界面的脚本,批量调用Autodock Vina,openbabel等来便捷使用Vina进行分子对接。 本软件可以实现以下功能:
1.下载受体,自动准备受体。
2.配体格式转换,根据取代基批量生成配体。
3.验证对接方案(Protocol)是否可以还原实验结果。
4.单个/多个配体和单个/多个受体进行对接。
5.将对接的多个配体提取出来。
6.提取对接的分数
7.将配体和受体合并成一个文件。
毕业临近,这应该是最终的版本了,不会再添加新功能。欢迎对项目进行再制作,本人也只是个业余喜欢编程的菜鸟,代码可能不太好看,欢迎交流讨论。 - 安装SailVina
必要软件(安装完整路径切记不要有中文和空格!!比如C:/program files/mgltools和D:/软件/mgltools等都是不合法的!!运行脚本是可能会出现意想不到的错误!)
Mgltools(http://mgltools.scripps.edu/downloads):用于调用pdbqt转换脚本。
Openbabel(https://sourceforge.net/projects/openbabel/files/openbabel/2.4.1/):用于格式转换。
可选软件
ChemOffice:用于化学结构的绘制和格式转换。
Pymol:用于查看结构。
2.1 使用python运行
使用pip命令安装额外运行库:
requests(下载受体)
lxml(下载受体)
Biopython(修复受体)
scipy(计算RMSD)
2.2 直接运行exe程序
下载main.7z,解压后运行其中的main.exe即可。
注意:解压路径不要包含空格,中文!!比如C:/Program files/、D:/软件/。会出现软件打不开,路径不识别等错误。 - 常用操作教程 使用本软件之前请务必点击“脚本配置”来选择相应的程序。
后面有待补充