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SailVina重构增强版

Python 100.00%

autodock-vina docking gui

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配体准备出错

您好，我现在希望使用您的软件进行分子批量对接。我在ZINC库中下载了smiles格式的配体，因为看到您的软件输入格式中没有这个选项，因此自己使用OPENBABEL进行小分子的文件转换，将.smi转换为.mol和.sdf。希望使用这个软件。但是我转换为这两个格式后，均不能成功完成软件中的准备配体部分。请问问题出在哪里呢？您的代码中要求的配体格式要求是什么呢？期望得到您的回复，万分感谢。

脚本配置提示路径错误

选择完ADT的python路径（里面也没有空格和中文），但一直提示“”请确定选择的是安装adt软性的python.exe!”

第一步获取pdb结构错误：无法检测状态，请检查网络或者id是否正确！

关于SailVina准备配体部分的疑问

您好，请问SailVina准备配体有设置加氢、检测扭转中心和扭转角吗？谢谢。

关于生成复合物

首先非常感谢作者无偿的分享，我想问下对于生成复合物这步，选择的配体可以选择sdf文件时预处理后的还直接可以放进去，另外蛋白的格式也需要是预处理后的pdbqt格式吗？不可是其他软件如薛定谔处理后的pdb文件吗？

你好，参数配置文件对接时打不开是怎么回事，参数导出也正常，大小没超过限制。

请问作者这个软件提取分数的原理是啥呀？

请问作者这个软件提取分数的原理是啥呀，自己以前写过一个正则表达，在vina1.1.2的情况下还算能工作，把匹配到的第一个分数拿出来和再把我配体受体的名字同时输入excel，但是在vina1.2.3计算出来的结果就不太适用了。今天尝试了下sailvina的提取分数功能发现还不错，但就是还得自己手动把配体受体名字输入excel，所以想请教下作者这里面提取分数的原理是啥，或者在哪一个脚本里，可以我学习一下，万分感谢。

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