biocad / cobot Goto Github PK
View Code? Open in Web Editor NEWComputational biology toolkit to collaborate with researchers in constructive protein engineering
License: BSD 3-Clause "New" or "Revised" License
Computational biology toolkit to collaborate with researchers in constructive protein engineering
License: BSD 3-Clause "New" or "Revised" License
Это необходимо сделать с расчётом на то, что в будущем это расширится и для других форматов. Пока что планируется в некотором виде передрать структуру bio-io.
Пришли к тому, что структура будет выглядеть как-то так:
Bio
Protein
AminoAcid
Internal (?)
Type(s).hs
Instances.hs
Chain
Internal (?)
Builder
Type(s).hs (?)
Molecule
Metric
Algebra
Reader
PDB
Fasta
Writer
PDB
Fasta
Utils
IO
PDB
Internal (?)
Type(s).hs
Writer.hs
Reader.hs
Global, Local, Semiglobal Alignment
Добавить тесты на все виды выравниваний. Исправить обнаруженные ошибки.
Подключить cobot-io в качестве зависимости, реализовать конвертацию Model
из cobot-io
в разные представления аминокислотных цепей.
Использовать UArray вместо Array в align. Измерить прирост производительности.
При построении списка операций редактирования происходит дублирование вычислений. Сначала при построении матрицы скоров в каждой ячейче находится максимум из трёх чисел. Потом, при построении списка операции, эти же числа вычисляются снова, чтобы понять какое конкретно их них было наибольшим. Можно сохранять эту информацию сразу в дополнительной матрице.
Требуется написать линзы со следующим интерфейсом:
> chain ^. phi i .~ pi
Реализовать преобразование различных представлений аминокислотных цепей в вид Model
из cobot-io
.
Выравнивания с положительным штрафом за разрыв (как обычным, так и аффинным) падают с ошибкой выхода за границы массива. Для воспроизведения:
ar = align (GlobalAlignment blosum62 (10 :: Int)) "QVQLVQSGGGLVQAGGSLRLSCAASGGTFATSPMGWLRQAPGKGTEFVAAISPSGGDRIYADSVKGRFTISRDNAGYFIYLQMNSLKPEDTAVYYCAVRRRFDGTSYYTGDYDSWGQGTLVTVSS" "EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKVQLERYFDYWGQGTLVTVSS"
viewAlignment ar
A declarative, efficient, and flexible JavaScript library for building user interfaces.
🖖 Vue.js is a progressive, incrementally-adoptable JavaScript framework for building UI on the web.
TypeScript is a superset of JavaScript that compiles to clean JavaScript output.
An Open Source Machine Learning Framework for Everyone
The Web framework for perfectionists with deadlines.
A PHP framework for web artisans
Bring data to life with SVG, Canvas and HTML. 📊📈🎉
JavaScript (JS) is a lightweight interpreted programming language with first-class functions.
Some thing interesting about web. New door for the world.
A server is a program made to process requests and deliver data to clients.
Machine learning is a way of modeling and interpreting data that allows a piece of software to respond intelligently.
Some thing interesting about visualization, use data art
Some thing interesting about game, make everyone happy.
We are working to build community through open source technology. NB: members must have two-factor auth.
Open source projects and samples from Microsoft.
Google ❤️ Open Source for everyone.
Alibaba Open Source for everyone
Data-Driven Documents codes.
China tencent open source team.