go run github.com/xuweixw/typing-markers -OUT demo -SAM demo.sam -VCF example/microhaplotype-markers.vcf -min_freq 0.2
go run TypingMarkers -OUT demo -SAM example/H28.sample.sam -VCF example/microhaplotype-markers.vcf -min_freq 0.2
you can get a file with .csv suffix and specifying out prefix. In this example, it is demo.csv
debug #1. 当逐行遍历文件后,指针指向文件末尾,再一次读取时,需要把指针归向原处。pointer offset.
recall File.seek()
- 等位基因必须是已知的,定义在vcf文件中;未定义的则为异常值抛出到BareAllele字典中。
- 覆盖度为SNP组成数的倍数,不完全覆盖Read则累计至所有可能的已知等位基因中,但不加入到RareAllele。
- overlap比对和插入缺失比对暂时不考虑。
? 检查mh20GP-034的OFFSET是20还是21。 21 checkbox
debug RareAllele统计频率不为SNP倍数的问题
goreleaser --snapshot --clean