Este curso tem como objetivos abordar de forma teórico-prática os conceitos e comandos básicos na utilização de um sistema Linux visando capacitar os alunos a aplicar e analisar dados na prática da bioinformática clínica. Ao final do curso, o aluno deverá ser capaz de compreender a estrutura de um sistema Linux, acesso remoto à servidores, comandos básicos de manipulação de arquivos e pastas, execução de comandos, edição de arquivos e pipeline de análises. Curso desenvolvido pela equipe de bioinformática do Hospital Israelita Albert Einstein.

DIA 1 (2 hrs)

• Introdução à bioinformática e distribuições Linux (Teórico)
• Prática guiada: Acessando servidores e entendendo a estrutura do Linux

DIA 2 (2 hrs)

• Prática guiada: Os primeiros comandos básicos

DIA 3 (2 hrs)

• Prática guiada: Da manipulação de arquivos e pastas a execução de comandos e pipelines

• Introdução à bioinformática e distribuições Linux
  Nesse módulo, será apresentada uma breve introdução sobre a bioinformática, distribuições de sistemas operacionais baseados em Linux e a importância do conhecimento na utilização de Linux nessa área.

• Acessando servidores, entendendo a estrutura do Linux e os primeiros comandos básicos
  Nesse módulo, o aluno irá acessar remotamente um servidor disponibilizado especificamente para o curso onde será apresentado ao ambiente Linux e irá executar seus primeiros comandos básicos no terminal.

• Da manipulação de arquivos e pastas a execução de comandos e pipelines
  Nesse módulo final, o aluno irá praticar com dados reais de análises clínicas a manipulação de arquivos e pastas em ambiente linux, executar programas e manipular seus parâmetros, entender o conceito de pipelines de análises e praticar com exercícios.

• Machtelt Garrels (2008). Introduction to Linux: A Hands on Guide

• Jason Cannon. 2015. Learn Linux in 5 Days.

• Claverie, J.-M., & Notredame, C. (2007). Bioinformatics for dummies

• Xiong, J. (2006). Essential Bioinformatics. Cambridge: Cambridge University Press. doi:10.1017/CBO9780511806087