mkdir run
cd run
Python3 -m venv .
source ./venv/bin/activate
pip install -r requeriments
python FCG.py —help可以查看帮助信息。
python FCG.py —step 10 —maxlen 700 —gfffile outfmt6-perl.gff —fnafile GCF_000146045.2_R64_genomic.fna
就会得倒result文件夹。
结果文件在同目录下result中存放。1,n.gff为向两端延伸n个bp长度所查找到的完整基因的gff文件(不包括以前找到的,仅仅只是这一步找到的完整基因)。
2,outfmt-perl.gff是和输入gff文件同名的文件,每次迭代之后都会有更新,最后得倒的是延长迭代后依然不是完整的基因的gff文件。
3,log.txt是把每一步找到的基因记录下来(包括以前找到的的基因, 很大)。格式为:#step为向两端衍生的长度,n为这一步找到的基因数目。
step;number:n
基因1
基因2
......
如下:
4,statics.png是每次找到(包含之前找到的)完整基因的曲线图。