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COVID-19 data in Brazil: cases, deaths, and vaccination at municipal (city) level. Description of the data: https://github.com/wcota/covid19br/blob/master/DESCRIPTION.en.md and https://doi.org/10.1590/SciELOPreprints.362

Home Page: https://covid19br.wcota.me/

License: Other

covid-19 covid-19-brazil covid19 covid19brazil covid19-data coronavirus coronavirus-brazil dados vaccination-data

covid19br's Introduction

DOI para citação: 10.1590/SciELOPreprints.362

Descrição dos dados: DESCRIPTION.md e SciELOPreprints:362

README in English

❗ IMPORTANTE: A atualização dos dados foi interrompida no dia 31 de março de 2023

Com a mudança de metodologia pelo Ministério da Saúde para atualização semanal dos dados, nossa fonte principal não recebeu mais atualizações a partir do dia 18 de março de 2023. Para evitar inconsistências, foi decidida a não atualização dos dados a partir de tal data. O link para a nota oficial do Ministério da Saúde está disponível aqui.

O meu trabalho voluntário de manutenção dessa base de dados foi ininterrupto desde março de 2020, quando foram confirmados os primeiros casos no país. Infelizmente, não posso mais assumir um compromisso de fornecer dados acessíveis e transparentes para a população, sendo esta tarefa totalmente fora da minha responsabilidade.

Para maiores informações, favor me procurar nas redes sociais disponíveis em meu site pessoal wcota.me.

Número de casos confirmados de COVID-19 no Brasil

Dica: ao clonar, é altamente recomendável usar uma profundidade de apenas 1 commit, já que há diversas atualizações diárias, com git clone --depth 1.

Base de dados com números relacionados à COVID-19 no Brasil. Há dados de casos e óbitos por município, com informações oficiais do Ministério da Saúde, juntamente com os das Secretarias Estaduais de Saúde obtidos pelo Brasil.IO. Além disso, há dados de suspeitos e vacinados (primeira e segunda dose), a partir do painel do @coronavirusbra1. Outros dados, como de recuperados e testes eram extraídos do @coronavirusbra1 até outubro de 2020, e agora vem de Giscard, além de correções e atualizações próprias. Os números de casos e óbitos do dia atual para cada unidade federativa podem ser atualizados por dados de Giscard, enquanto a linha do tempo é exclusivamente pelo Ministério da Saúde (com devidas correções, veja _fixes_meta.csv) e Brasil.IO.

Acesse o arquivo DESCRIPTION.md e SciELOPreprints:362 para mais informações sobre cada arquivo disponibilizado.

É importante dizer que todos os dados aqui apresentados são por data de divulgação dos boletins de cada unidade federativa. Cuidado ao interpretar esses dados.

Esse dataset é mantido exclusivamente por mim, Wesley Cota, com atualizações diárias por diferentes fontes. A página https://covid19br.wcota.me/ apresenta gráficos e mais informações tratadas a partir desta base.

Mais informações: https://covid19br.wcota.me/

Exemplo de acesso aos dados com pandas no Python: https://colab.research.google.com/drive/1H1N387IIAGV-3YRtyxzPz94vSiLrhE0M?usp=sharing

💬 Observação sobre as licenças

Em geral, os dados aqui disponibilizados seguem uma licença CC BY 4.0, ou compatíveis. No entanto, alguns dados, como os casos e óbitos confirmados por município das secretarias estaduais via Brasil.IO, seguem uma licença CC BY-SA 4.0. Ao utilizar dados que contenham essas últimas informações, siga a licença dada pela fonte inicial, que é CC BY-SA 4.0.

Acesse o arquivo DESCRIPTION.md para mais informações sobre cada coluna disponível de cada arquivo e licenças de origem. Não é necessário pedir permissão para utilizar os dados, desde que as fontes sejam preservadas e citadas.


Essa base de dados é parte do projeto de pós-doutorado "Monitoramento contínuo da COVID-19 no Brasil: coleta, análise e modelagem de dados epidêmicos", registrado na Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação da Universidade Federal de Viçosa, com bolsa da CAPES.

Links relacionados

Equipe atual do @coronavirusbra1

Citação

Por favor, caso utilize esses dados em publicações acadêmicas, utilizar o seguinte DOI: 10.1590/SciELOPreprints.362

W. Cota, “Monitoring the number of COVID-19 cases and deaths in brazil at municipal and federative units level”, SciELOPreprints:362 (2020), 10.1590/scielopreprints.362

Em BibTeX:

@article{CotaCovid19br2020,
	doi = {10.1590/scielopreprints.362},
	url = {https://doi.org/10.1590/scielopreprints.362},
	year = {2020},
	month = may,
	journal={{SciELOPreprints:362}},
	publisher = {{FapUNIFESP} ({SciELO})},
	author = {Wesley Cota},
	title = {Monitoring the number of {COVID}-19 cases and deaths in Brazil at municipal and federative units level}
}

Na mídia

Licença

Em geral, os dados aqui disponibilizados seguem uma licença CC BY 4.0, ou compatíveis. No entanto, alguns dados, como os casos e óbitos confirmados por município das secretarias estaduais via Brasil.IO, seguem uma licença CC BY-SA 4.0. Ao utilizar dados que contenham essas últimas informações, siga a licença dada pela fonte inicial, que é CC BY-SA 4.0.

Acesse o arquivo DESCRIPTION.md para mais informações sobre cada coluna disponível de cada arquivo e licenças de origem. Não é necessário pedir permissão para utilizar os dados, desde que as fontes sejam preservadas e citadas.

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covid19br's Issues

Inconsistência há dois dias em município

Boa noite!

Ontem e hoje observei discrepâncias nos dados de casos do município de Sousa-PB
O valor do dia 16 está negativo e a variação dos ultimos dias está diferente do boletim oficial

commit 37c34f8, Curitiba, faltando novos casos e obitos.

@wcota,

Bom dia !

Algumas capitais, faltam dados em cases-brasil-cities-time.csv

commit 37c34f8,
Curitiba, faltando novos casos e novos obitos, nos 3 dias finais do arquivo.

Recife, tem um probleminha de valor negativo em novos casos em 2020-04-24
17,2020-04-24,Brazil,PE,Recife/PE,2611606,26010,Recife,14,152,-415,1647,9.23604,100.07735,0.09229,SES,2020-07-24
Sei que podem ocorrer, em todo caso, so para constar.

obrigado,

julio
cartognu.org/covid19

sugestao: numeros de isolamento social

@wcota

Sei das enormes dificuldades em compilar os dados, mas creio que isolamento social e testes sao dados importantes para analises. Poderiam colocar na fila de desejos !

obrigado e
[]s
julio

New cases by city

Hi there!
First. Congrats on your great work!
Second. Are you tracking of all Brazilian cities? If so, how reliable are your sources?.
Regards,

Caso sem localização (persistente) e inconsistência em 14-15/06

Meu caro, bom dia!
Eu penso e repenso muitas vezes antes de abrir um issue, pois nem imagino o trabalho que vocês estão tendo! Peço licença para dividir mais uma questão:

1- Na Paraíba, existe 1 caso no dia 08/05 e uma morte no dia 30/05 que constam como "Sem Localização Definida". Eles, no final, somam como um excedente ao número real divulgado pela SES. Foi um erro da secretaria ou há alguma especificidade sobre esses dias? Há algum tempo eu venho apagando eles esperando ser corrigido naturalmente, mas ainda persistem e resolvi compartilhar.

2- Outra questão é que, aparentemente (pensando muito aqui, rs), acredito que os dados individualizados do dia 14/06 estão somados aos do dia 15/06 (a compensação dos casos SLD no dia 14 está registrada no dia 15)

Como eu trabalho com os dados, tanto por município quanto por semana epidemiológica, esses detalhes de individualizações ficam contrastados pra mim; por isso essas questões tão específicas! Obrigado pela sua dedicação!

Um abraço!

Dados bem organizados

Parabéns pelo trabalho! Poderia disponibilizar o script de atualização dos dados?

Sugestão

Meu nobre, boa noite!
Você teria acesso e/ou como disponibilizar os dados de casos descartados por município? A ideia é poder calcular o número de testes realizados somando os valores de descartados+confirmados.
Abraços!

negative values for newCases and newDeaths in cases-brazil-cities-time.csv

There are 1670 negative entries for newCases and 165 negative entries for newDeaths in cases-brazil-cities-time.csv file. I noticed that because I'm using the EpiForecasts packages and noticed negative cases in "Santa Catarina" cases plots in their posts: https://epiforecasts.io/covid/posts/national/brazil/

They are using your data to generate the Brazilian analysis.

How to reproduce:

library(dplyr)
read.csv("https://raw.githubusercontent.com/wcota/covid19br/master/cases-brazil-cities-time.csv") %>%
    filter(newCases < 0)

Output (first 5 lines):

 date country state                             city  ibgeID newDeaths deaths newCases totalCases
1  2020-03-12  Brazil    RJ CASO SEM LOCALIZAÇÃO DEFINIDA/RJ      33         0      0       -9          1
2  2020-03-18  Brazil    PE       Jaboatão dos Guararapes/PE 2607901         0      0       -1          1
3  2020-03-19  Brazil    SP                   Santo André/SP 3547809         0      0       -4          2
4  2020-03-19  Brazil    SP            São Caetano do Sul/SP 3548807         0      0       -5          1
5  2020-03-20  Brazil    MG                    Uberlândia/MG 3170206         0      0       -1          1
...

Casos Ativos

Sugestão de apresentar, no site, os casos ativos (que imagino que podem ser calculados com base nos dados de casos recuperados, mortes e casos totais).

Alguns sites como o worldometers calculam da seguinte forma:

Active Cases = (total cases) - (total deaths) - (recovered). This figure represents the current number of people detected and confirmed to be infected with the virus. This figure can increase or decrease, and represents an important metric for Public Health and Emergency response authorities when assessing hospitalization needs versus capacity.

Entretanto, não encontrei algum site que apresente essa informação por região ou município, no Brasil.

Sugestão

Seria interessante acrescentar os casos sob investigação, ou seja, que amostras de sangue foram coletadas mas o resultado do teste ainda não saiu (pelo menos óbitos que estão em teste - EX: https://g1.globo.com/pb/paraiba/noticia/2020/03/23/paraiba-tem-mais-duas-mortes-de-pessoas-com-suspeita-de-coronavirus-segundo-secretaria.ghtml). Muita gente se ilude com esses números e está despreocupada pelo fato de que a doença "ainda não tenha chegado em sua respectiva cidade". Além de tornar o mapeamento da doença um pouco mais preciso.

valores de newDeaths em 26 e 27 maio

olá

depois do update de cidades do MS os números de newDeaths deram uma pirada.
26/5 tinham 1056 pulou para 1590
e
27/5 que já tava com mais de mil caiu para 520

Fã Clube no Telegram

Fala @wcota, aqui quem fala é um fã desse trabalho sensacional que vcs tão fazendo!

Trabalho na @EscolaDeSaudePublica do Ceará e estamos responsáveis pelo site e painel de informações sobre o Covid no estado.

Inclusive, hoje mesmo estamos liberando nossa API, pra acesso aos dados que estamos usando pra montar o painel: https://coronavirus.ceara.gov.br/painel

Te chamei no telegram, mas notei que vc não olha há mais de mês... Queria marcar um papo contigo, pra gente trocar idéia sobre estrutura e plotagem de dados.

Também ia te chamar pro grupo que criamos no telegram, pra juntar cabeças e projetos desse tipo: https://t.me/grupoanticorona (mais informações sobre o grupo e a força tarefa digital que criamos no ceará: bit.ly/ForcaTarefaAntiCorona )

07/11 e 08/11 com vários valores de novos casos negativos

O que houve nesses dias que causou essa distorção?
O Arquivo que peguei esses dados é o:
cases-brazil-cities-time.csv.gz
Por exemplo Berford Roxo/RJ:

  • 06/11 (0 casos novos e 11206 casos totais)
  • 07/11 (11120 casos novos e 22326 casos totais)
  • 08/11 (-11179 casos novos e 11147 casos totais)

Existem outros casos, só postei essa dúvida mesmo

dia 8 de junho sem dados de Alagoas

Opa, vi que Alagoas está zerado em novos casos e mortes no dia 8 de junho.
Mas o informe epidemiológico do dia não confirma isso.
Só pra avisar, muito obrigado pelo trabalho!

Integração de conjunto de dados latino-americana

Olá, juntamente com uma organização sem fins lucrativos, estamos tentando centralizar as informações de infectados / mortos / recuperados covid-19 e estamos procurando uma pessoa encarregada de cada país. No seu caso, Brazil.

O formato csv está sendo tratado de acordo com o formato global https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19 para poder coletar os dados.
Isso inclui as seguintes colunas:
image

Para a Brazil, é necessária atualização diária para esses lugares:

image

Você poderia me dizer se está interessado em contribuir, por favor.
O conjunto de dados centralizado é proposto neste repositório:
https://github.com/DataScienceResearchPeru/covid-19_latinoamerica

Inclusão de coluna 'deaths' em outros arquivos

É possível incluir a coluna de casos fatais por cidades para os seguintes arquivos?
gps_cities.csv
cases-brazil-cities-time.csv
O segundo precisaria dos dados por data né mas se for possível incluir no primeiro arquivo.
Obrigado.

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