uweschmitt / envipy Goto Github PK

Heinz had permission problems when installing WinPython to user local folder. Check this and find reasons.

datenatz blank / datensatz kalibration -> quantifizeriung

test test test. did you get a notification for this issue ?

Create exe for envipy.

only consider components which can be found in all samples.

• testdatensatz martin / jennifer fragen.
• matze, philipp, jenn, emma als tester

gal, wenn ich mein Ordner, oder irgendeine Ordner auswähle, gibt es:

C:\DATA\envipy\envipy>set SCRIPTS=C:\Users\schymaem\AppData\Roaming\envipy\Scrip
ts

C:\DATA\envipy\envipy>call C:\Users\schymaem\AppData\Roaming\envipy\Scripts\acti
vate || (call install_envipy.bat C:\DATA\envipy\WinPython-64bit-2.7.6.4\python
-2.7.6.amd64\python.exe )
Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\schymaem\AppData\Roaming\envipy\lib\site-packages\eawag_workflo
ws-0.0.1-py2.7.egg\eawag_gui\frontend\miniwf_gui.py", line 220, in choose_projec
t
self.open_project(folder)
File "C:\Users\schymaem\AppData\Roaming\envipy\lib\site-packages\eawag_workflo
ws-0.0.1-py2.7.egg\eawag_gui\frontend\miniwf_gui.py", line 226, in open_project
self.project_model = Project(folder)
File "C:\Users\schymaem\AppData\Roaming\envipy\lib\site-packages\eawag_workflo
ws-0.0.1-py2.7.egg\eawag_gui\frontend\project.py", line 19, in init
self.create_or_load()
File "C:\Users\schymaem\AppData\Roaming\envipy\lib\site-packages\eawag_workflo
ws-0.0.1-py2.7.egg\eawag_gui\frontend\project.py", line 26, in create_or_load
self.load()
File "C:\Users\schymaem\AppData\Roaming\envipy\lib\site-packages\eawag_workflo
ws-0.0.1-py2.7.egg\eawag_gui\frontend\project.py", line 56, in load
self.load_params()
File "C:\Users\schymaem\AppData\Roaming\envipy\lib\site-packages\eawag_workflo
ws-0.0.1-py2.7.egg\eawag_gui\frontend\project.py", line 64, in load_params
with open(os.path.join(self.project_home, f_name), "r") as fp:
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'C:\DATA\envipy\test_project\p
eak_picker.json'

Test on Heinz computer which libraries are loaded and which R version is found from pypeR.

blank vs sample, sample vs sample.

http://www.nature.com/nmeth/journal/v8/n5/full/nmeth.1584.html

• targets: suche interne standards mit ähnlichen Namen

suspekt screening: rt egal, mehfache Treffer möglich.

• envimass: calib quality plots raussuchen und erzeugen
• envimass: screening quality plots raussuchen und erzeuge

graphiken:

• vor calib / nach calib: mass vs delta_mass (letztere mmu und ppm)
  evtl mit tool top pro Punkt insbesondre ausreisser…

  90 % percentile als geraden parallel zur x-Achse

  extra: number found IS (unique, non unique)

• IS screening: masse (x) vs ppm(y) , fargen monoisotopisch, isotopisch
  annotierung ausreisser.

  masse(x) vs delta rt(y) (nur monoisotopisch)
  masse(x) vs intensity….

  mass(x), y: relative Abweichungen abundances (zuerst auf max peak normalisieren,
  dann delta abundance durch abundance)

  mass(x) y: varianz rt isotopen intern.

  Histogramm Intensitäten. und Intensität über zeit...

  alles auch als extra scores in screening result Tabelle.

komponenten: Histogramm über großen der Komponenten, Varianz in rt….

• target screening genau so.

• Does Microsoft provide an official test to determine if the Redist package is missing ?
• Include this to the installer if possible.

Aktuelle Schritte:

• R installiert
• aktuelles „enviPat“, „enviPick“ und „nontarget“ installiert
• enviMass wie im Anhang installiert
• 64 bit Python von http://sourceforge.net/projects/winpython/files/WinPython_2.7/2.7.6.4/
  (Nach Installation gibts ein WinPython Control Panel, da musst Du das noch im Menü
  registrieren)
• setup_envipy_0.1.1.exe (im Anhang) müsste mit den Vorgeschlagenen Einstellungen durchlaufen.
• Dann sollte im Startmenü envipy verfügbar sein.
  Beim ersten Start dauert es eine Zeit, da sich das Programm erst jetzt Komponenten
  herunter lädt und installiert.

Todo: Schritte 2 und 3 sparen, in dem man diese mit dem Installer ausliefert. R kann man ja Lib-Directories angeben. Da wäre es gut wenn envipy mit einem eigenen lokalen Directory arbeitet und man so sicher ist immer mit den richtigen Versionen der R-Packages zu arbeiten.

Wie werden blanks in envimass gehandhabt.

table explorer: filter widgets + evtl delete filtered ?
bool fields: checkbox für edit statt text.

• determine which Win platforms are requested ?
• Find instances for tests
• test.

• param labels aus envimass + r package doc raussuchen.