- Cài đặt thư viện cần thiết:
pip install -r requirements.txt
- Huấn luyện mô hình phân đoạn phổi Chuẩn bị dữ liệu:
cd ggos_segment/dataset/ tfds new lung_dataset
Chuẩn bị bộ dữ liệu phân đoạn phổi sau đó build:
tfds build
Huấn luyện mô hình phân đoạn phổi:
cd ggos_segment python train_lung_mask.py
Phân đoạn và hậu xử lý mặt nạ phổi
python ./prediction/lung_prediction.py python lung_post_process.py
Huấn luyện mô hình phân đoạn GGOs
Chuẩn bị dữ liệu:
cd prepare_data python generate_2d_data.py python generate_3d_data.py
cd ../ggos_segment/dataset/
cd lggo_dataset tfds build
cd sggo_dataset tfds build
Huấn luyện mô hình 2D, 3D
cd ggos_segment python train_segment.py -f -b -d -l
-f : Fold -b: batch_size -d: 2 hoặc 3 (2D hoặc 3D) -l: 0, 1, hoặc 2 (Loss id: 0: comboloss, 1: DiceFocal Loss, 2: Dice Boundary loss)
Phân đoạn dữ liệu 2D:
python ./prediction/ggo_prediction.py
Phân đoạn dữ liệu 3D:
python ./prediction/lggo_prediction.py
Hậu xử lý dữ liệu:
python post_process_ggo.py
Web:
cd ggo_segment_web python app.py
Truy cập trang web tại http://127.0.0.1:5000/