Возможно корректным решением было бы их отключать, но без доработок со стороны бекэнда.
Возможно стоит при извлечении из CoreData менять состояние оповещения на неактивное?
Мне кажется стоит сначала реализовать напоминания, а после попробовать в их логику завернуть изменение состояния заметки

Невозможно включить защиту паролем, если настройка была пропущена при первом запуске.
Нужно добавить возможность настроить его в дальнейшем, придётся реализовывать внутреннюю страничку с настройками.
Пример можно посмотреть здесь https://shrikar.com/xcode-6-tutorial-grouped-uitableview/