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LODS(Low-Dimensional Systems)数据库管理脚本

ASE database 默认Keys

需要更新的Key

特殊 Key-value pairs : Similarity

​ FormatToXyz.py # 将 *.mol, *.cif, *.msi, *.xsd 等格式文件转换为 *.xyz 格式

​ 输入：结构文件文件夹路径 输出： xyz 格式文件文件夹路径

​ DB_deduplication.py # 使用 USR 初步筛选出与当前数据库中相同化学式团簇的相似度 < 0.95 的结构

​ vasp_opt.py # 根据 *.xyz 文件信息，生成对应的INCAR、KPOINTS、POSCAR（要扩胞 10 Angstrom）、POTCAR

​ 输入：xyz 格式文件文件夹路径 输出： VASP 输入文件（每种结构文件对应一个文件夹）

​ 使用 Shell 脚本批量提交即可，运行完毕后 使用 tools/finish_vasp.py 检查是否正常结束作业，对于不正常作业要人工检查。

• DFT 计算结果文件夹，里面包含多个 DFT 输出，如 OUTCAR、EIGENVAL 等

• pip install -r ./requirements.txt

• 初始目录结构举例：

  DFT

  ├── Ag

  │ ├── 01

  │ │ ├── OUTCAR

  │ │ └── *

  │ ├── 02

  │ │ ├── OUTCAR

  │ │ └── *

• read_dft.py # 提取所有 DFT 输出的有效信息

• 处理后：

• Ag - DFT

  └── DFT_data── xyz_relaxed── *.xyz

  ​ └──dft_info.csv

当前优化的结构可能与数据库已有的结构重复，使用USR方法筛选出重复度 > 0.94 的结构。

• dft_dir_screen.py

• 处理后：

• Ag

  ├── DFT

  ├── DFT_data

  ​ └── xyz_relaxed

  └── DFT_data_screen

  ​ └── xyz_relaxed

  ​ ├── similarity.csv

  ​ ├── dft_data_not_exist.csv

  ​ └── dft_data_exist.csv

• 合并 DFT_data_screen/xyz_relaxed 文件夹中的 xyz 文件到 .db 中，再将 dft_data_not_exist.csv 更新到 .db 中。
• update_db.py # 输入： xyz_relaxed 路径， dft_data_not_exist.csv 路径 输出：.db 数据库文件

• 修改 username 和 calculator 等默认参数

• vasp_basic_setting.py

​ 把 *.db 和 DATABASE.db 放在同一文件夹下，合并到一个新的数据库中。

• convert.py # 输入： *.db 和 DATABASE.db 的路径 输出： 合并后的新 .db 文件

​ 由于每次更新会导致序号问题或新加入的相似结构问题，在每次增删数据后要进行相似度数据更新，保留相似度 > 0.8 的相关数据；

​ update_similarity.py # 输入： *.db 文件路径

• ase db -w DATABASE.db # 检查数据
• 上传至远端服务器，Flask Web app 自动更新网站上的数据

Xueao Li @ DLUT

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