liibre / rocc Goto Github PK

syn_species em check_flora() é criada fazendo paste de gênero e epíteto e acaba omitindo sinônimos que são variedades e subespécies. Tem coluna infraspecificEpithet então acho que vou complementar o paste.

Hello,
I've searched for my error in the issues tab but found nothing. So here it goes:

I am following the article: Basic workflow using Rocc to learn Rocc's commands and I got an error when trying to convert the data_gbif list of tables to a data frame.
The species link list conversion to data frame ran fine, however the gbif list stopped due to this:

Could you help me?
species_search.txt

Thank you in advance,

Peter

O exemplo do article:

ex04 <- rspeciesLink(filename = "ex04",
                     Scope = "plants", 
                     basisOfRecord = "PreservedSpecimen",
                     county = "Mariana", 
                     stateProvince = c("Minas Gerais", "MG"),
                     country = c("Brazil", "Brasil"),
                     RedList = TRUE,
                     MaxRecords = 100)

está escrevendo arquivos vazios:

"x"
"results/"

Ainda não olhei passo a passo o ponto que dá problema, mas deixo anotado aqui caso você tenha mais noção.

Olá Andrea e Sara,

estou tentando usar a função check_flora() do pacote Rocc de vocês... tá retornando o erro "Flora 2020 API is out of service"...

Fui lá no seu código da função e testei a parte que interage com o API usando um exemplo abaixo:

api <- "http://servicos.jbrj.gov.br/flora/taxon/"
jsonlite::fromJSON(paste0(api, "Caesalpinia"))

e então retornou este erro abaixo>

Error in parse_con(txt, bigint_as_char) : parse error: trailing garbage
] } ] }Conectado com: 10.10.100.29<br/
(right here) ------^

Poderia me ajudar a resolver isso??? De fato, quando eu busco no navegador por "http://servicos.jbrj.gov.br/flora/taxon/Caesalpinia", eu consigo ver o texto lá completo. Então o API parece estar funcionando, não???

Grato pela atenção!

Domingos Cardoso

Making request to speciesLink...
Error in open.connection(con, "rb") : HTTP error 400.

Show traceback:

open.connection(con, "rb")
6.
open(con, "rb")
5.
parse_con(txt, bigint_as_char)
4.
parseJSON(txt, bigint_as_char)
3.
parse_and_simplify(txt = txt, simplifyVector = simplifyVector,
simplifyDataFrame = simplifyDataFrame, simplifyMatrix = simplifyMatrix,
flatten = flatten, ...)
2.
jsonlite::fromJSON(my_url)
1.
rspeciesLink(filename = paste0("raw_data_SpeciesLink_", scientificName[a]),
scientificName = scientificName[a], Coordinates = "Yes")

I have newest version of the function and also have unistalled and reinstalled R and RStudio in my computer. It's been weeks since this error is showing.

Estou passando check_flora() para um vetor de muitos nomes, usando purrr::map() (deveria paralelizar mas fiquei pensando se API não reclama). Para alguns nomes recebo:

Error in data.frame(..., check.names = FALSE)  
  arguments imply differing number of rows: 1, 0

Suponho que é em alguma junção interna e vou procurar, mas deixo aqui caso vc tenha visto e para fechar quando resolver.

Oi pessoal, tudo bem mandar em PT-BR?

Gostaria de ver com vocês se é possível adicionar as outras variáveis disponíveis no specieslink, como as Notas e outras que podem conter informações relevantes e podem acabar passando despercebidas.
Pode ser também que esses dados já seja puxados mas eu que não esteja vendo. Dei uma olhada no código e acho que não puxa alguns desses argumentos.

Desculpa por criar essa demanda, é só porque quero incentivar o pessoal a buscar pelo R (porque é muito mais eficiente ver a tabela pronta e tal), mas podem faltar alguns dados.

Obrigado!!

Oi pessoal,

Eu estava fazendo algumas buscas e acabei pensando que o funcionamento do argumento save (que é TRUE por padrão) pode trazer alguns problemas indesejados.
Eu entendo que é importante salvar os resultados da busca em um arquivo na pasta de trabalho, mas se eu fizer outra busca logo em seguida, a função salva o arquivo output por cima do outro, já que, por padrão, ele se chama "output".

Se a busca anterior tiver sido bem grande, vai sobrepor o arquivo anterior sem nenhum aviso.
Talvez a função file.exists() possa ajudar nisso.

Obrigado!!

Hi, thank you for developing this nice package! I am trying to download all occurrences of fish species (but as there is no specific category, I am using Scope = "animals"). The request starts, but at some point I get the error:
"Error in parse_con(txt, bigint_as_char) : parse error: premature EOF"

Would you know how can I solve this problem?

Here is the code snippet:

animals_link <- rspeciesLink(filename = "animals_speciesLink_occurrence",
                     Scope = "animals",
                     basisOfRecord = "PreservedSpecimen")