Dados de monitoramento da pandemia COVID-19 no Brasil, fornecidos pelo Ministério da Saúde no site http://plataforma.saude.gov.br/novocoronavirus/.

Os scripts baixam os dados com a série histórica do Ministério de Saúde das informações relativas ao coronavírus no Brasil. Isto é feito acessando os dados da Plataforma Integrada de Vigilância em Saúde (IVIS) deste órgão. Através da interface do site disponibilizada ao usuário, só é possível ter acesso aos dados do dia atual.

O projeto original foi baseado em Python/Jupyter Notebook. Posteriormente, foi adiciona uma pasta com um código em R elaborado por Júlio Trecenti, que executa a mesma função.

Para acessar o arquivo CSV com a última série histórica atualizada, confira este repositório do Júlio Trecenti, que é atualizado de hora em hora automaticamente.

Os dados são armazenados dentro de um arquivo JavaScript (.js). O script os transforma para .json e então converte em um CSV.

Para facilitar a interpretação dos dados, é adicionada uma coluna, baseada no arquivo indice.csv, com a sigla da UF correspondente ao campo identificador (uid) assinalado no banco original.

O arquivo é exportado no formato CSV, com a data de execução do script.

Atenção: Todos os dados relativos aos casos são extraídos do site do Ministério da Saúde. Não nos responsabilizamos por eventuais erros e inconsistências. Sempre confira e cheque seus dados, através do site da IVIS ou caches do Web Archive.

• Pacote R para extrair as informações do IVIS, por Sara Mortara e Andrea Sánchez-Tapia.

• Script para extrair os dados do IVIS em R, por Júlio Trecenti

• Painel e projeções do Observatório COVID-19 BR

• O Brasil.IO está consolidando uma base de dados com os boletins informativos sobre COVID-19 no Brasil.

• Kaggle Corona-Virus-Brazil: o mesmo dataset da plataforma IVIS encontra-se disponível neste repositório do Kaggle.

• Para um levantamento realizado manualmente de casos em nível municipal, confira este projeto de Wesley Cota ou a iniciativa colaborativa Mapa do Corona Virus.

Dentro da pasta do projeto, crie um abiente virtual com o comando

python3 -m venv env

Ative o ambiente virtual:

source env/bin/activate

Instale as dependências no seu ambiente Python usando o comando

pip install -r scripts/IVIScraper/requirements.txt

Só é necessário fazer isso uma única vez, exceto se o arquivo requirements.txt for alterado.

Com o ambiente virtual ativo (veja os passos acima), instale o pacote ipykernel:

pip install -U ipykernel

Em seguida, instale o seu ambiente virtual no Jupyter:

python3 -m ipykernel install --user --name=coronabr

Ao abrir o caderno Jupyter, selecione no canto superior direito o ambiente "coronabr". Isso só é necessário fazer uma única vez pois, ao salvar o caderno, o Jupyter se lembra de qual foi o ambiente utilizado.

Os dados em formato aberto podem ser acessados na pasta dados. A atualização dos dados foi descontinuada. Se você quer acesso ao arquivo CSV com a última série histórica atualizada.

O CSV é composto das colunas abaixo:

• uid = Número de identificação da UF
• suspects = Casos suspeitos
• refuses = Descartados
• confirmado = A coluna não é utilizada até o momento
• deads = Mortes
• local = Aparentemente, não é utilizada. Vide as observações.
• cases = Casos confirmados
• comments = Comentário sobre os dados (Ex: "Transmissão comunitária no município do Rio de Janeiro" ou "1 Portador assintomático")
• broadcast = ?
• date = Data de registro dos dados (%dd/%mm/%yyyy)
• time = Hora do registro dos dados (%hh:%mm)
• uf = Coluna adicionada pelo script, com a sigla da UF

A base de dados corona-br é disponibilizada sob a licença Open Database License: http://opendatacommons.org/licenses/odbl/1.0/.