• display missing common variant attributes
• display variant specific attributes in dedicated slot of base variant component

stretch diagnose boxes over full screen

Bei den Response-Diagrammen in das Farbschema direkt die "Wertung" der RECIST-Werte reinnehmen, also dass positive Response mit einer "guten" Entwarnung symbolisierenden Farbe dargestellt wird, und "schlechte" Werte eher als Warn-Farbe.

Ordnung der RECIST-Werte, von "gut" nach "schlecht":
CR -> Grün?
PR -> schwächer Grün?
MR -> schach Orange?
SD > Orange?
PD -> Rot?
NA, NYA sind neutral -> Blau?

s. https://github.com/KohlbacherLab/dnpm-dip-mtb-model/blob/9bd7c50c6eb2c20c7036bb914fcd8c7454abc6cf/dto_model/src/main/scala/de/dnpm/dip/mtb/model/Response.scala#L25

Priority for 4.12.2023

• change api endpoint /patients to /patient-matches
• add additional diagrams of query api endpoint
• global patient filter for summary and patients ( + add site filter )
• global diagnoses & hpo Filter
• patient match overview add (patient.age, patient.vitalStatus, patient.site)
• set extended patient view as default view
• patient match overview, prio hpo.display value
• add code:display pattern for search diagnosis category + hpo term

On guideline therapies and guideline procedure, attribute "therapyLine" should be shown.

In selection fields to request diagrams for a given label, for instance "Verteilung nach Variante" to select recommended medication by supporting variant, selecting the first entry systematically doesn't work. Only from the 2nd entry on does it work to select an entry and get the diagrams.

Im MTB-Such-Modul, Ergebnis-Seite:

Bitte folgende Anzeigen mit aufnehmen:

• Gesamtzahl der Patienten im ResultSet
• Zusammenfassung der Such-Kriterien

Mark patients in the patientlist and compare them.

• restore search form from query object
• prepared queries
• switch diagram type with dropdown selection
• disable search submit button on load
• global toggle for extended/minimal view
• query overview no id
• tooltip ( lokal & föderiert) (Patientenakte einsehen)

• enable the user to customize the search form with different criteria ( grid like )
• store customization via store and local storage

REMINDER:

Add display of matching query criteria in "patient matches" list in MTB portal

Refactor components to be prefixed with VP e.g. to make better distinction to other types, interfaces & components (inc. other libraries)

• implement bootstrap breadcumbs
• find current page in layout navigation tier elements, traverse tree to top.

Idee:

Bei der Medikationsauswahl sollte zwar ATC zur unterstützten Auswahl eingebunden werden. Es sollte aber darüber hinaus möglich sein, in ATC nicht vorkommende Wirkstoff(-Namen) anzugeben.

Im "normalen" Fall von Auswahl eines ATC-Eintrags würde ein entsprechendes ATC-Coding (d.h. mit "code" bzw "system" von ATC) in das MedicationCriteria-Objekt gesteckt.

Im "custom"-Fall würde das Wirkstoff-Coding als "code" bzw. als "system" einen Platzhalter (z.B "-", "undefined", "unregistered") haben.
Damit wäre dann im Backend eine jeweils gesonderte Handhabung möglich, und insgesamt eben auch Suche nach in ATC unregistrierten Wirkstoffen möglich

HINWEIS: Muss aber nach Absprache erst Backend-seitig umgesetzt werden.

The drop-down menus for selections currently show only 6 entries.
Even though they support text-based search for entries, this requires knowledge of what they could contain to write a meaningful entry search, so that discovery of the contents in a potentially long selection list is hampered.

Please add scrolling functionality for easier navigation of entry list.

https://github.com/KohlbacherLab/dnpm-dip-service-base/blob/main/src/main/scala/de/dnpm/dip/service/query/Query.scala

MTB-Suchmaske:

Wenn man bei einer CNV z.B. 2 betroffene Gene aussucht, und dann den ersten Chip wieder über das X entfernt, werden beide Chips gelöscht.

In case of partial query results, i.e. some sites couldn't be reached, display a corresponding error info in order for users to know they have only partial data.

In Ergebnis-Ansicht, Patienten-Liste:

Beispiel: Im Patienten-Filter wählt man bei Geschlecht nur "Weiblich" und bei Vital-Status nur "Lebend" aus, aber nach Anwendung des Filters in der Liste tauchen trotzdem verstorbene Patienten auf.
Bei Untersuchung mit Web-Tools im Browser kommt bei der Anfrage als Request-URI /api/mtb/queries/{id}/patient-matches?gender=female&..., es fehlt der Query-Parameter vitalStatus=alive.

Bei der Mehrfach-Auswahl von Medikationen muss man noch die Auswahl zwischen Und- bzw. Oder-Verknüpfung ermöglichen.

s https://github.com/KohlbacherLab/dnpm-dip-mtb-query-service/blob/839efc2930a403a6ae6bcb3bf6f150e982ad4dd4/api/src/main/scala/de/dnpm/dip/mtb/query/api/MTBQueryCriteria.scala#L107

• Beim Runden der Prozent-Angaben bei Häufigkeiten reicht m.E. 1 Nachkommestelle

• add "standort" column to patient match

When applying the filter in one of the MTB Query Portal's tab/page, it is not applied when one switches to another tab/page, but has to be re-set and re-applied. Could that be fixed?

• Restore search form from stored (localstorage) configuration

• two buttons for federated/local

• initial fields:

  • diagnosis: category - multiple chip
  • hpoTerms: multiple chip

• scope: diagnosis to diagnoses

• RD kachel homepage
• pagination keep query strings ( preparedQueryId )
• nuxt link wrapper component to keep query strings ( preparedQueryId )

Essentials

• ci/cd pipeline
• linter, monorepo management ( lerna/changesets)
• types/interfaces for domain resources: patient, consent, case, ....
• api client for resources
• interaction between rare-deseases and portal (ink. navigation, pages, api client ...)
• basic styling
• layout navigation
• outsource reusable components, composables, ... to extra package (core)
• pages for rd search, query, patient-record
• lazy load single resources ( template slot for loading )
• unify loading and rendering of single/collection resources
• enhance styling, usability, pages
• implement features
• docker image for cd

• Hintergrund

  • Allgemeine Info Rare Diseases (Paper)
  • Welchen Vorteil hat Portal für RD?

• Requirement Engineering - Peter K.

  • Context zu RD.

• Ergebnis:

  • Entwicklung beschreiben
  • User Studie (z.B Umfrage)

• MI: 06 Uhr

• Fr: alternative

• Mutationsart (SNV statt CNV)

• define conditions (required, maxLength, minLength, ...) for search criteria
• display validation messages below the input, textarea, ... fields

Create component library for modules.

Components:

• SearchFormElement (props: code, criteria): It should render select, input, textarea field depending on props)

• refresh query session before expiration
• store and restore session from local storage (expiration date, criteria, ... )

In MTB Query Form, catalog selection field "Diagnose" and "Medication" have the wrong background label "Orphanet Ontology" while loading.

Feature:

In the selection menus for certain diagrams (e.g. "Medikation: Empfehlungen nach stützender mol. Alteration") turn the drop-down menu into a text-based search field for easier selection of an entry one already has in mind by name.

• Age:

https://github.com/KohlbacherLab/dnpm-dip-portal/blob/master/packages/core/src/domains/patient/types.ts#L25
is now record: value, unit (maybe display name)
dnpm-dip-core: model/Quantity.scala

• Patient List:
  custom listing (attributes + matching criteria)

• Patient View:
  custom listign for ngs reports

• Patient List
  /patient-matches?offset=0&length=20

• Error Payload ( on partial success + total failure)
  _issues key

• Are the scopes of a query fixed (hpo, diagnosis, variant, ...) ?
• Why is the criteria object value an array?
• Should the Patient type be a subset of the PatientRecord?

For variant search criterion "protein change" (both in MTB and RD), add regex-based validation that user input conforms to 3-letter code format, by checking that the entered String contains at least one 3-letter amino acid code.

Regex:

(?i)(Ter|Asn|Thr|Tyr|Sec|Phe|Ala|Met|Ile|Asx|Pro|Cys|His|Trp|Asp|Glu|Xaa|Gly|Val|Gln|Leu|Lys|Arg|Glx|Ser)

MTB-Such-Modul, Situation:

Man wählt in der Such-Maske bei Medikation z.B. "Verabreicht" zusammen mit einer oder mehrerer Medikationen aus, setzt die Suche ab, und geht dann auf "Anpassen" der Such-Kriterien:
Bei der Medikations-Auswahl fehlen die ausgewählten Medikationen, und anstatt dass der Schalter "Verabreicht" aktiv wäre, erscheint ein Chip, wie er eigentlich für die Medikations-Einträge verwendet wird, mit Name "Verabreicht".

The following changes of wording have been requested on the MTB Query Result portal:

• On the diagrams for frequency distribution of tumor entities and morphologies, respectively, included the code in the display label, i.e. {code}: {display}
• On the overview of recommended/used medication, adapt wording: "Empfehlung" -> "Therapie-Empfehlungen"; "Therapien" -> "Umgesetzte Therapien"

Umbenennungsvorschläge:

• MTB-Suchmaske: "Medikament" zu "Medikation" umbennen
• MTB-ResultSet Summary, Reiter "Demographie":
  • "Verteilung von Geschlechtern" zu "Geschlechterverteilung" umbenenn
  • "Verteilung des Alters" zu "Altersverteilung"
• MTB-ResultSet Summary, Reiter "Diagnose":
  • Buchstaben-Verdreher bei "IDC-O-3-M" -> "ICD-O-3-M"
• MTB-ResultSet Summary, Reiter "Medikation":
  • Bei "Empfehlungen", "Verteilung nach Variante" umbenennen "Empfehlungen nach stützender molekularer Alteration"
  • Bei "Therapien", "Verteilung nach Variante" umbenennen "Response-Verteilung nach Medikation"
• In der Ergebnis-Ansicht nach Absetzen einer Suche: Reiter "Einstellungen" umbenennen zu "Such-Kriterien" oder "Suche"

In den Such-Masken:

Bei den Feldern, die Mehrfach-Auswahl zulassen, bleibt die Auswahl-Liste nach Anklicken (Auswählen) von Einträgen offen.
Da die Chips, die die Auswahl darstellen, aber von der ausgeklappten Liste bedeckt sind, gibt es praktisch kein Feedback dazu, dass etwas passiert ist.
Das muss behoben werden: in irgendeiner Form braucht man klares visuelles Feedback, dass die Auswahl getätigt wurde.

Wenn man einen Wirkstoff zur Suche aussucht, kommen trotzdem alle Patienten zurück.
Als ich es mit developer tools untersucht habe, war da das "criteria" Unter-Objekt in der Request leer, statt dass da der "medication"-Teil gesetzt war.

The colour scheme in most diagrams (bar/pie charts) is rather unsystematic at the moment. For instance, in the diagram for age distribution, the colours jump from green to blue to black, etc.
On the other hand, sometime different labels result in the same colour, for instance in the Kaplan-Meier curve for PFS by therapy.

It would be good to improve the following points:

• Ensure that different labels obtain distinct colours.
• Use some kind of "colour palette" on some diagrams, e.g. on age distribution, instead of the seemingly random colour jumps for different age intervals, have some kind of gradient from a start to an end colour

REMINDER:

Look for solution to display concept hierarchy in distributions.
For instance, in the diagram for distribution of tumor entities, the top-level entries show the frequency of ICD-10-GM "top category", but the detailed distribution of sub-categories is also included in the data and should be accessible on demand.

Option: display the whole underlying data as a table?

• submit rd/mtb query
• update form

Show a minimal patient record in the patient list.

move admin section related resources to dedicated package

/api/admin/connection-report

{
    "createdAt": "2024-04-04T15:47:43.62715529",
    "peers": [
        {
            "details": "Error in peer-to-peer response from site Beispielhausen: Connection refused: localhost/127.0.0.1:9002",
            "site": {
                "code": "UKBsp",
                "display": "Beispielhausen",
                "system": "dnpm-dip/site"
            },
            "status": "offline"
        },
        {
            "details": "Error in peer-to-peer response from site Berlichingen: Connection refused: localhost/127.0.0.1:9003",
            "site": {
                "code": "UKBrl",
                "display": "Berlichingen",
                "system": "dnpm-dip/site"
            },
            "status": "offline"
        }
    ]
}