AlignEditorはest2genomeの結果を編集するためのツールです。est2genomeは、ESTをゲノムへマッピングして、 エキソンとイントロンを予測するプログラムです。イントロンの予測にはGT-AG則を利用します。 GT-AG則に従わないイントロンも、無理にGT-AG則に合わせようとします。 これが原因で、エキソンとイントロンの接続点の周りに、不自然なギャップが挿入されます。 AlignEditorは、こうした不自然のギャップを簡単に編集できるようにします。

CONFIG ファイルに書かれているパスをうまく調整すれば動く（と思う）。