Sphinx をはじめとした必要なライブラリをインストール

pip install sphinx
pip install commonmark
pip install recommonmark
pip install nbsphinx
pip install sphinx_rtd_theme

.
├── Makefile
├── README.md
├── _build
│   ├── doctrees
│   └── html
├── conf.py
├── index.rst
├── make.bat
└── src
    ├── 1.md
    ├── 2.ipynb
    ├── 3.ipynb
    └── 4.md

資料に関する設定はconf.pyに記述します。

変更するであろう主な部分は以下くらいです。

project = 'プロジェクト名'
copyright = '2018, 会社名'
author = '会社名'

また、Sphinxのテーマは以下に設定していますが、こちらはお好きなものに変更していただければと思います。必要に応じて、テーマをインストールしてください。テーマ一覧は最下部の参考URLを御覧ください。

html_theme = "sphinx_rtd_theme"

index.rst内の以下に構成を定義します。

====================================

.. toctree::
   :maxdepth: 2
   :caption: Contents:
   :glob:

   src/1
   src/2
   src/3

====================================

重要なのは以下の部分になります。

   src/1
   src/2
   src/3

こちらがファイルの読み込み先を示しています。src フォルダの1というファイルを読み込んでいます。 基本的に.mdor .ipynbの拡張子であれば読み込んでくれます。

作業ディレクトリにて

make html

_build > htmlフォルダの中のindex.htmlを開けばOKです。

cd _build/html
open index.html

作業ディレクトリに移ってから下記のコマンドで_build以下にpdfができます

docker run --rm -it -v ${PWD}:/docs/ kikagaku/sphinx

• Sphinxを便利にして、みんなに使ってもらいたい https://qiita.com/pashango2/items/d1b379b699af85b529ce
• Sphinxテーマ一覧 https://sphinx-themes.org/