hisparc / infopakket Goto Github PK

Issue bij de verkeerde git geopend, oeps.

For the first edition of the infopakket bundle, should we include the sphinx docs (LaTeX -> pdf for some software repositories?

For now, I think we should not, because they are very subject to change and not always very clear to people not familiar with Python/JavaScript.

Moreover, for some software there is already an infopakket document, which can contain links to the online docs for those interested..
and the infopakket documents are in Dutch, the docs in English (except station-software), and infpakket documents are more geared towards high schools..

Een index voor voorin met overzicht van de documenten en categorieën.
Voor elke categorie de werkbladen erin met blokjes op de juiste hoogte.

Ik heb net per ongeluk de branch notebooks gemerged... (zucht!)

Op zich niet heel erg, want de PR was af, maar helaas zorgt een bug in notedown ervoor dat de URLs in notebook stuk zijn: #33

Totdat dit is opgelost gh-pages niet maken/pushen!

It is no longer required to setup your own IPython server.
Perhaps rewrite the 'Inleiding' to indicate the options (local/surfSARA/Binder).

In 93_recept_CoincideQuery.md wordt nog gebruik gemaakt van print zonder ().
Ook wordt data twee keer gesloten data.close() na het downloaden.

please check my work on uitwerkingen_elementaire_deeltjes!
So i might merge this work with the master branch

• fix text; detector -> GPS in station_map.tex#L133-L134
• Improve schematic figure, e.g. add lightguides and PMTs to the scintillators to clarify that those are the scintillators.

There are numerous compilation errors when making gh-pages.
Some caused by the TeXLive 2015 update.
I have fixed some already, working on the test.

Feedback from VWO leerlingen that worked through the notebooks:

While using the notebooks, it is both confusing and annoying that a fresh downloaded notebook from the infopakket already shows output. At first this output was interpreted as results of a "run" of the notebook upon opening. This is ofcourse incorrect and confusing.
While using the notebook it is confusing that "real" output is confused with old/stale ouput.

Suggestion: remove / clean the output of the notebooks in the infopakket.

De meeste recent gh-pages build failed:
https://travis-ci.org/HiSPARC/infopakket/jobs/318088337

$ (cd travis && source ./install_texlive.sh)

tlmgr: setting option autobackup to 0.

===============================================================================
tlmgr itself needs to be updated.
Please do this via either
 tlmgr update --self
or by getting the latest updater for Unix-ish systems:
  http://mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/update-tlmgr-latest.sh
and/or Windows systems:
  http://mirror.ctan.org/systems/texlive/tlnet/update-tlmgr-latest.exe
Then continue with other updates as usual.
===============================================================================
tlmgr: Terminating; please see warning above!
tlmgr: package repository http://mirrors.ibiblio.org/pub/mirrors/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)

We need to make an index for the documents contained in the infopakket.
Ideally we also devise some nice categories under which the documents can be grouped.

To make it easier to find the documents you are looking for we will try to do something similar to a dictionary, using color and position queues at the sides of the pages.

Here is an example of doing something like that in LaTeX:
http://tex.stackexchange.com/questions/57031/

Todo:

• adapt the stackexchange example to our case
• define groups/categories
• define colors/greyscales/position ranges for the groups
• define unique identifiers for the documents (prevent conflict with future additions)
• Make it easy to find a document: Looking at the index -> determine code/color/position for document -> look for color/position queue tab -> found it!

@davidfokkema @NiekSchultheiss @NorbertvanVeen @montanush

We should add the version numbers to the index.html
Otherwise users will have to open documents to check which version is the current one..

Opening infopakket notebooks (created by nbconvert) on the most recent jupyter from anaconda-4.1.1 fail: No kernel is found.

Anaconda 4.1.1 is the most recent version (dated july 2016). This is what most LiO's have installed...

None not found is displayed instead of a kernel. Fix: Choose kernel, save, reload notebook. http://stackoverflow.com/questions/38517887/why-does-jupyter-display-none-not-found

This seems to be bug in de nb_conda_kernels package: Anaconda-Platform/nb_conda_kernels#36

There should be a fix (dated aug 1st):

conda update nb_conda nb_conda_kernels nb_anacondacloud

Someone needs to review the new documents by Hans under 'cosmic_showers'.

Python 2 will be end-of-life in a few years.
The infopakket should be transitioned to Python 3.
SAPPHiRE is already Python 3 compatible.
It would probably be best to keep backwards compatibility with Python 2 for now.

Python parts:

• Notebooks
• generate_index.py
• code examples?

See discussion at: HiSPARC/sapphire#154 (comment)

The zip files for the Recepten are manually created. These files are not automatically updated when changes have been made to the info pakket documents and when gh-pages is updated.
So they may be out of date.

Taakverdeling

• Brief: (Surya/Bob) Uitnodiging HiSPARC Symposium 2014
• Lesbrief: (Hans) Air shower ontwikkeling
• Brief: (Hans) Brief rector
• Brief: (Hans) Formele brief
• Brief: (Hans) Introductie HiSPARC
• Overzicht: (Bob) Structuur van lesbrieven
• Lesbrief: (Norbert/Niek) HiSPARC station
• Lesbrief: (David) ADC calibratie
• Lesbrief: (Arne) GPS instellen
• Lesbrief: (David) Spanningen afregelen (MIP piek)
• Lesbrief: (Niek) Uitmeten detectorposities
• Lesbrief: (Norbert) Dagelijkse controle van het station
• Lesbrief: (Arne) Data retrieval tool
• Lesbrief: (David) Reproduceer grafieken uit data
• Lesbrief: (Arne / Niek) Interpreteren traces
• Lesbrief: (Niek) Showers, triggers en coïncidenties
• Lesbrief: (Jan-Willem) Gauss, Poisson, Landau
• Lesbrief: (Arne / Jan) Detector bouw
• Lesbrief: (Arne / Bob) Detector plaatsing
• Lesbrief: (Norbert) Problemen met richtingbepaling twee detectoren
• Lesbrief: (Loran) Correlaties (weer, dag/nacht, etc.)
• Lesbrief: (Henk) Levensduur van het muon
• Lesbrief: (Henk) Snelheid van muonen

The documents in cosmic_showers and those in air_showers use very similar names. Perhaps we need to make their names more specific.

@montanush @NiekSchultheiss

Klopt het dat de bestanden 'milky_way.npy' en 'milky_way_polar.npy' ontbreken? Zouden de bestanden of een bron naar de arrays toegevoegd kunnen worden?

Each document should have a version number (vX.Y).
That way a teacher can easily see if he/she has the latest version.

X - major changes
Y - typos, small insignificant changes.

Every time we update the gh-pages each pdf that git detects as changed is replaced entirely.
For example: 75f9bcc, 6fbd53b, 7bbc258.

Because of this the repository had grown very large, my local copy is 300 MB, while the code/images in master are 'only' 27 MB (mostly due to some images), and the size of the gh-pages branch is similar (28 MB).

So the largest part is the history of the gh-pages branch. Perhaps we can change the Make script to delete the history of the gh-pages branch each time and keep only the latest version. Im not certain how that would work with syncing.. perhaps delete the branch and recreate it? Any ideas? git magic?

@davidfokkema

The md files can be converted to ipynb when generating the gh-pages.

notedown input.md > output.ipynb

See https://github.com/aaren/notedown

Using markdown as IPython Notebook sources has the advantage that the commits and diffs are clearer.
When working with the source code, i.e. editing the notebooks this can be done on the markdown files by configuring IPython with: c.NotebookApp.contents_manager_class = 'notedown.NotedownContentsManager'

Written by @davidfokkema:

We gaan het infopakket stroomlijnen en fors uitbreiden met nieuw lesmateriaal. Het doel is dat docenten ofwel kant-en-klare werkbladen en modules e.d. van de plank kunnen pakken voor één of twee lessen, ofwel een complete NLT-module kunnen gebruiken. Deze NLT-module bestaat dan feitelijk uit stukken uit het infopakket, die goed op elkaar aansluiten en één geheel vormen.

• lesmateriaal tweede klas
• lesmateriaal derde klas
• ❗️NLT module (klas 5 of 6)
  • inventariseren beschikbaar materiaal (bestaande module, Zebra, Loran, Norbert)
  • H1: inleiding kosmische straling (basis + verdieping)
  • H2: extensive air showers (hadronische interacties, paarvorming / annihilatie, etc., PDF Niek)
  • H3: HiSPARC netwerk (detector, energieverlies, PMT, station, event, cluster, coïncidenties, etc.)
  • H4: herschrijven van het stuk onderzoek met HiSPARC materiaal (jSPARC, data, etc.)
• ❗️contact steunpunten
  • Onne (UvA)
  • José (VU)
  • Filipe (UU)
  • Bart Groeneveld (It's Academy)
  • Henk Buisman (Leiden)
• steunpuntdag
  • best practices
  • bijscholing
  • presenteren voortgang infopakket / HiSPARC
• ❗️contact docenten die kritisch meedenken en materiaal testen
• ideeën voor praktische opdracht (PO) en profielwerkstuk (PWS)
• document voor ICT / TOA (opstellen PC, gevolgen voor het netwerk)
• weerstation (Norbert)
• bliksem
• Masterclasses
  • instellen station door leerlingen / werking van een station
  • college kosmische straling door Hans
  • data-analyse
• ❗️RouteNet
  • kleuren / layout (zie infopakket)
  • redactie
  • kosmologie, sterrenstelsels, zonnestelsels, atmosfeer, space weather
  • statistiek / simulatie van stationskaart met MIP dichtheid
• jSparc uitbreiden met sterrenkaart / richting EAS (HiSPARC/jsparc#7, HiSPARC/jsparc#28)

As noted in #47 some more documents need updates for the change in units of pulseheights/integrals and traces.

Ik ben bezig met een hoofdstuk air showers in de categorie theorie (algemeen). De opzet is zodanig dat er een aantal vragen/opdrachten over gegeven kunnen worden. Dat doe ik voorlopig in een apart werkblad. Dat heeft als voordeel dat het duidelijk is dat alle vragen/opdrachten in werkbladen staan. Maar het heeft als consequentie dat het de docent (die er een les aan wil besteden) duidelijk moet zijn dat er een werkblad hoort bij het theorie hoofdstuk. Er komen dan 3 situaties:

• zelfstandige hoofdstukken (dus zonder bijbehorend werkblad)
• hoofdstukken met bijbehorend werkblad
• zelfstandige werkbladen (zonder bijbehorend hoofdstuk)

Is dit wat we willen? Hoe en waar leggen we dat uit in het INFOPAKKET?

A recent build failed: https://travis-ci.org/HiSPARC/infopakket/builds/387703827

This builds on TeXLive 2015 and pdftex (sharelatex) without errors or warnings, but it fails.

I've created a travis build with verbose output: https://travis-ci.org/HiSPARC/infopakket/builds/387709971

Sadly, TeXLive 2018 will not run on CentOS 6 (glibc 2.14 required, 2.12 installed), it will not install on my laptop (literally takes hours) so I'm stuck debugging this on travis.

This is a reminder. I'll post a piece of the log later.