理论课部分：

- 重点：R 语言安装和运行、变量、语法和函数；Bioconductor 与R 程序包。
- 难点：R 语言变量、语法和函数。

2019-11-04 3-5节

1. 掌握R 语言安装和运行。
2. 掌握Bioconductor 与R 程序包。
3. 掌握R 语言变量、语法和函数。
   1. 系统变量、
   2. 用户自定义变量、
   3. 数据类型（布尔型、数值型、字符型、列表、向量、矩阵、数据框、复杂类型等）、
   4. 函数定义和使用（包括系统函数和用户自定义的函数）

• R语言环境的准备
• （视频）R语言环境的准备
• R的初级知识
• 矩阵，因子，数据框，流程控制，for循环，apply
• （视频）R语言基础: 向量，矩阵，数据框和列表

2019-11-07 3-5节

• 重点：使用ggplot2 绘制简单图形与复杂图形。
• 难点：使用低级绘图函数进行图形精确控制。

1. 掌握使用ggplot2 绘制简单图形。
   1. 学习安装并使用ggplot2。了解以下概念：
      1. 数据（Data）和映射（Mapping）
      2. 几何对象（Geometric）
      3. 统计变换（Statistics）
      4. 标度（Scale）
      5. 坐标系（Coordinate）
      6. 分面（Facet）和图层（Layer）
   2. 学习用ggplot2 绘制条形图、柱状图、散点图、箱线图、折线图、饼图等。
2. 了解使用ggplot2 绘制复杂图形。
   1. 学习使用ggplot2 将多个单图进行组合，学习绘制热图、GSEA 富集图、网络图等复杂图形。

ggplot课程代码

2019-11-11 3-5

• 重点：二代测序原理、常用软件和一般过程。
• 难点：使用HISAT、StringTie、Ballgown 等软件进行数据处理。

1. 熟悉二代测序原理和常用软件。
   1. RNA-seq 技术
   2. 了解RNA-seq 常用的分析软件FastQC、HISAT、SAMTools、StrignTie、Ballgown 等。
2. 掌握二代测序数据处理一般过程。
   1. 下载比对参考基因组文件，然后构建索引。
   2. 利用索引将reads 拼接到参考基因组上。
   3. 下载基因注释文件，对拼接到基因组上的reads 进行基因注释
   4. 合并转录本，达到表达矩阵。

实验课部分

教材：高山, R 语言与Bioconductor 生物信息学应用、ISBN：9787543333604.天津：天津科技翻译出版公司，2014 年，第1 版。

注意：

1. 我负责的实验课部分，需要书写纸质版实验报告，同时也需要在问卷星中按照要求提交电子文档；
2. 请不要抄袭其他人的作业；

11-28，1-3 学时：3

实验说明

12-5，1-3 学时：3

实验说明

12-6，1-3，学时：3

实验说明

12-12，1-3，学时：3

实验说明

12-13，1-3，学时：3

实验说明

12-19，1-3，学时：3

实验说明