Создадаю символьные ссылки на файлы:
ls /usr/share/data-minor-bioinf/assembly/* | xargs -tI{} ln -s {}Выбираю случайно 5 миллионов чтений типа paired-end и 1.5 миллиона чтений типа mate-pairs с помощью команды seqtk
SEED=408
seqtk sample -s$SEED oil_R1.fastq 5000000 > paired_end_R1.fastq
seqtk sample -s$SEED oil_R2.fastq 5000000 > paired_end_R2.fastq
seqtk sample -s$SEED oilMP_S4_L001_R1_001.fastq 1500000 > mate_pairs_R1.fastq
seqtk sample -s$SEED oilMP_S4_L001_R2_001.fastq 1500000 > mate_pairs_R2.fastqОценю качество исходных чтений с помощью fastQC (создаю директории и заускаю fastQC для файлов, полученных выше):
mkdir fastqc
mkdir multiqc
ls paired_end_R* mate_pairs_R* | xargs -tI{} fastqc -o fastqc {}Собираю отчёт с помощью multiQC:
multiqc -o multiqc fastqc
Подрезаю чтения по качеству:
platanus_trim paired_end_R*
platanus_internal_trim mate_pairs_R*Оцениваю качество подрезанных данных с помощью fastQC:
mkdir fastqc_trimmed
mkdir multiqc_trimmed
ls paired_end_R* mate_pairs_R*| xargs -tI{} fastqc -o fastqc_trimmed {}Собираю отчёт с помощью multiQC:
multiqc -o multiqc_trimmed fastqc_trimmed
Собираю контиги из подрезанных чтений с помощью “platanus assemble”:
time platanus assemble -o Poil -f paired_end_R1.fastq.trimmed paired_end_R2.fastq.trimmed 2> contigues.logАнализ полученных контигов:
Собираю скаффолды из контигов и подрезанных чтений с помощью “platanus scaffold”:
time platanus scaffold -o Poil -c Poil_contig.fa -IP1 paired_end_R1.fastq.trimmed paired_end_R2.fastq.trimmed -OP2 mate_pairs_R1.fastq.int_trimmed mate_pairs_R2.fastq.int_trimmed 2> scaffolds.logАнализ полученных скаффолдов:
Уменьшаю количество гэпов с помощью подрезанных чтений программой “platanus gap_close”:
time platanus gap_close -o Poil -c Poil_scaffold.fa -IP1 paired_end_R1.fastq.trimmed paired_end_R2.fastq.trimmed -OP2 mate_pairs_R1.fastq.int_trimmed mate_pairs_R2.fastq.int_trimmed 2> gapclose.logИнформация по гэпам после уменьшения их количества:
Удаляю исходные и с подрезанными чтениями файлы *.fastq:
rm paired_end_R*.fastq mate_pairs_R*.fastq
React
Typescript
Django
Laravel
Facebook
Microsoft
Google
Alibaba
D3
Tencent