cairijun / blast_online Goto Github PK

/result/<task_id>在输出结果时会尝试把结果转换成表格（二维列表）。格式如下：

[
    ["query id", "subject id", "% identity", "alignment length", "mismatches", "gap opens", "q. start", "q. end", "s. start", "s. end", "evalue", "bit score"], 
    ["lcl|FJ881694.1_cdsid_ACO57213.1", "BBa_S04192", "100.00", "2652", "0", "0", "1", "2652", "1238", "3889", "0.0", "5257"], 
    ["lcl|FJ881694.1_cdsid_ACO57213.1", "BBa_S04186", "100.00", "2652", "0", "0", "1", "2652", "227", "2878", "0.0", "5257"], 
    ["lcl|FJ881694.1_cdsid_ACO57213.1", "BBa_S03938", "100.00", "2652", "0", "0", "1", "2652", "16", "2667", "0.0", "5257"]
]

如果没有字段名信息（tabular without comment），字段名全部设置成空字符串。

如果转换失败，则原样输出。

刚刚提交的版本有问题，还在测试，暂时别更新

我才发现我做错事了。。提交了个我自己调试时候的index.html。。马上改过来

依赖：Redis、Python、Blast、pip_requirements.txt中的Python包。

config.py中配置如下：
CELERY_BROKER: Celery队列后端地址，默认为本地Redis服务器
BLAST_DEFAULT_KWARGS: Blast的默认参数
BLAST_DB_DIR: Blast数据库路径
BLAST_INPUT_DIR: Blast输入文件路径
BLAST_OUTPUT_DIR: Blast输出文件路径
POLL_STATUS_RETRIES: 每次长轮询请求状态查询次数

配置完成后运行run_server.py。

添加如下数据库：

• 2013_Distribution
• 2014_Distribution
• All_Parts_in_Catalog
• In_Stock
• In_Stock_or_Pending
• Pending

• GET / 首页

• POST /query 提交查询

  参数：

  Key	Description	Example
  program	程序名称	blastn
  evalue	E-value	1000
  outfmt	输出格式	pairwise
  database	数据库名称	Biobrick
  input	输入	-

  返回JSON：

  Key	Description	Example
  errno	错误码，0为成功	0
  err_msg	错误信息	"Success"
  task_id	任务ID	"065fb64cd42911e3a14510604b805805"

• POST /query/upload 上传文件查询

  multipart/form-data格式，参数与POST /query一样，只是input字段换成上传的文件。返回不变。

• GET /status/<task_id> 查询当前状态（非阻塞）

  返回JSON：

  Key	Description	Example
  errno	错误码，0为成功	0
  err_msg	错误信息	"Success"
  status	当前状态	"finished"
  msg	错误详细信息（failed状态才有）	"Wrong format"

  状态取值：

  Status	Description
  nonexistent	任务不存在
  queuing	排队中
  working	运算中
  finished	完成
  failed	失败

• GET /status/<task_id>/poll 查询当前状态（Long-polling）

  返回值与GET /status/<task_id>一样，但是这个为Long-polling接口。此接口在以下情况下返回：

  Event	Behavior
  任务不存在	返回nonexistent
  超时	返回超时时的任务状态
  任务完成或失败	返回finished或failed
  任务状态改变	返回最新的状态

• GET /result/<task_id> 获取结果

  返回JSON：

  Key	Description	Example
  errno	错误码，0为成功	0
  err_msg	错误信息	"Success"
  result	结果	-

• GET /result/download/<task_id> 下载结果

如题。
任务可以提交，但是提交后没有进入查询列表。手动添加任务也不行。
测试服务器上的代码已切换回原来的版本。