Maintenant qu'elle a crée un compte, il faut lui redonner les droits sur les ontologies de Planteome, soit TO et PO pour le moment.

Tout est dit dans le titre.

Je mettrai les éléments dans
https://docs.google.com/document/d/1RZc7U4pjhEzPAFJhz32oEpkAQNHdchwyusLeu-VoLsE/edit#heading=h.73u3v2qdolp9

We need to use our own URI for ontologies in the SPARQL endoint.
For instance:
GRAPH http://data.bioontology.org/ontologies/PTO/submissions/1
should be
GRAPH http://data.agroportal.lirmm.fr/ontologies/PTO/submissions/1

C'est pas grand chose, mais cela évitera la confusion avec le NCBO BioPortal.

Léo Valette: choisir directement dans l'interface (style un bouton à côté de chaque annotation pour "supprimer" chaque annotation qui ne nous intéresse pas).

In the perspective of the coordination between VEST and AgroPortal, we need to add some metadata fields.
Valeria. "Allowing the registration of vocabularies with only metadata in the AgroPortal (adding a few metadata to the basic initial registration: description, owner/publisher, vocabulary type, domain, format, license)"
Clément. "For metadata form : Name (you have it already), Description, Owner/publisher, Vocabulary type, Domain(s) (I think you already have the categories?), Format
We need to :

• add publisher (with open values)
• add type (with restricted values)
• add the categories as discussed in previous response."

Quand on crée un compte il y a une checkbox qui offre de s'inscrire a une mailing liste de BioPortal... ce qui ne se passe pas d'ailleurs.

Faudrait que chez nous cela implique une inscription a [email protected]
(que l'on peut faire a la main, si on a une notification qui dit que qq vient de creer un compte).
Je peux faire les inscritpions (j'ai les mains sur la mailing liste) maunellement;

Project to submit includes:
Crop Ontology
LovInra
RDA Wheat
AgroLD
Planteome
Others...

This can be done through the UI (by Anne) then projects need to be reassigned to their actual users in AgroPortal... it needs to be done by a REST POST call
I am assigning to Vincent to copy/paste the CURL call.

This tracker concerns the fact of handling multilingual contnt in AgroPortal. We are working on it.

Sur AgroPortal, SIFR et Stage.
On ne voit plus aucun graphique des "Visits"

Modification à apporter (signalée par Elizabeth) : dans AgroPortal, pour les ontologies dont le
nom comprend CGIAR, remplacer par IBP

We open this to track the process of changing the AgroPortal's categories:
http://data.agroportal.lirmm.fr/categories

This tracker should be closed when new categories will be in AgroPortal AND when existing ontologies will be assigned to new categories.

When adding a note to an ontology term, the notification email that subscribed users will receive includes a URL link that is wrong.
For insatnce:

A new note was added to Biorefinery by jonquet.

Subject: Can measure by mapped to another ontology ?

Such as Unit of Measurement ?

You can respond by visiting: NCBO BioPortal:
http://agroportal.lirmm.fr/notes/http%3A%2F%2Fdata.bioontology.org%2Fnotes%2F9673b100-80b2-0133-79ea-525400026749

The included link does not end on the actual concerned concept.

N'apparait plus. Il semblerait depuis la release.

This issue concerns the development of an extractor to export the content of AgroPortal to the VEST Registry.
This track was started during the 1st AgroHackathon.

Pour que:

• VEST puisse puiser des ressources avec un maximum de description
• Qu'on puisse continuer a coder les UI de visualisation des métadonnées
  Il faudrait commencer a les remplir un peu à la main.

J'entends par la les propriétés principales, que l'on peut affecter nous même sans demander aux propriétaires de l'ontologie: license, languages, publisher, formality level, syntax, endorsed by, has domain (categories), engineering tool, identifier pattern, logo, example of identifier,

Il y a aussi toutes les métadonnées qui peuvent être affectées automatiquement comme: SPARQL endpoint (on peut mettre le notre par defaut), free text search endpoint (idem), URI look, repository (on peut mettre AP par defaut).

Dans la page "browse": http://agroportal.lirmm.fr/ontologies
Il serait intéressant que les nom de groupes et de catégories soient cliquables pour que l'on puisse obtenir des informations sur ce que c'est que ce groupe et/ou cette catégorie.

Cela pourrait ouvrir une petite fenêtre pop-up plutôt que de changer carrément de page.

L'email qui est donné est :[email protected]

A remplacer par:
[email protected]

http://www.planteome.org/node/1

I will discuss this with Laurel this WE at PAG. But we shall certianly upload the 2 others ontologies in AroPortal.

Assigne to me for the moment.

We are thinking about adding a tab in the UI that for each concept will retrieve and link to annotations in different databases. For instance AgroLD.

I am assigning Pierre for now, in order to get a URL/ Web service call to get numbers/statistics + a link in AgroLD.

La création d'une ontologie avec seulement des métadonnées produit ce message d'erreur :
"We're sorry but something has gone wrong. We have been notified of this error."
Cela est probablement dû au fait qu'il n'y a pas de soumission associée. Mais l'ontologie est quand même créée : http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/ONLYMETADATA
Il faut adapter le formulaire d'enregistrement (par exemple, inutile de demander le format du fichier de l'ontologie quand il n'y en a pas).

L'objectif de ce tracker et d'assurer le suivi de l'upload de toutes les ontologies à partir de http://www.cropontology.org/

Pour le moment nous en avons 4. Nous avions prévu de mettre les autres quand la question de la pullLocation URL serait réglé.

Faudra saans doute débugegr au cas par cas, ainsi que compléter comme il faut les métadonnées.
Finalement mettre a jour la slice et le groupe CROP.

Discussion en cours avec

• Claire Nédellec : ATOL (Animal Trait Ontology for Livestock)
• Sophie Aubin : ADO (Ontologie des maladies animales)
• Pierre Yves Le Bail et Sophie Aubin : EOL (Environment Ontology for Livestock)
  Fichier mis à jour sur le google drive : IBC AgroPortal ontologies

We have fixed now the slice feature. For instance: http://wheat.agroportal.lirmm.fr
We now need to deploy all the slices defined in the GDoc
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Jx8lHfYXHA8elIlkmZ1AsPyRBUxYC-dQsSdcSqvRelc/edit#gid=800725135

Apres les ajouts recents et a chque ajout suivant il faut penser a mettre a jours les slices.
Celle la est important car elle donne le nombre d'ontologie chez nous et pas chez BioPortal.

C'est tres long quand on clicque sur "save submission"... ca prend tellement longtemps que ca affiche "something went wrong" tandis que le chgt est effectivement fait.... c'est un peu un problème quand même.

Idem avec la nouvelle page Add metadata, pour de ou 3 champs ca prends 2h et ca affiche "something went wrong" tandis que le chgt est effectivement fait.

• Virer les champs qui sont deja dans les autres pages (e.g., homepage, publication, status, etc.)
• Utiliser le nom des propriétés colonne B de notre GDoc plutot que le nom RDF de la propriété
• Aligner tous les champs a remplir a l'aide d'une tabulation
• Faire des champs plus gros que d'autres e.g., notes, keywords
• Indiquer a droite du champ (aligné a droite comme fait dans la page edit submission) le type de propriété atetndu (String , URI etc.)
• Pour natural language, faire comme pours has formality level et has syntax... donné le lien vers le site qui donne des URI (voir GDoc)
• Virer les metadonnées qui peuvent être remplies automatiquement e.g. openSearchDescription, uriRegexPattern, exampleIdentifier

Aussi, quand on a deja rempli un champ, et qu'on revient sur la page Add metadata, faut qu'on le voit !
Sinon on ne peut plus modifier qq chose de déjà saisi.

@vemonet @antool Une partie de moi se demande si on ne devrait pas tout mettre sur la page "edit submission", en suivant le même patern et en cachant les métadonnées additionnelles sous un "Click here to add additionnal metadata to your submission"

L'idée serait de changer la façon dont sont afficher les propriétés des classes.
Il faudrait sans doute:

1. Séparer les propriétés générales d'AgroPortal, c'est à dire:
   "id", "prefLabel", "definition", "synonym", "obsolete", "subClassOf", "parents", "cui", "semanticType", "label", "notation", "prefixIRI", "xref"
   N'afficher que celle qui ont une valeur (autre que par défaut ou null) et les afficher d'une certaine manière.
2. Afficher les autres propriétés avec un "+" qui sont spécifique au vocabulaire, dans un autre bloc graphique. Pour ces propriétés donner le nom de la propriété au format ns:nom e.g., skos:prefLabel ou rdfs:label
   (si nécessaire il existe un outil pour obtenir les abréviations classiques pour un name space : http://prefix.cc/)

3.Offrir la possibilité en un clic d'obtenir le JSON-LD pour ce concept. C'est quand même vachement pratique quand on veut passer de l'UI à l'API.

Disposer d'une URL côté INRA pour permettre la mise à jour automatique des vocabulaires déposés sur AgroPortal

We are trying to figure out the best pull URL for
http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/PO
http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/PTO

The property is called "pullLocation"
http://data.agroportal.lirmm.fr/ontologies/PO/submissions/1?&include=all&display_context=false&display_links=false
http://data.agroportal.lirmm.fr/ontologies/PTO/submissions/1?&include=all&display_context=false&display_links=false

Pierre, est ce que tu conseilles de prendre:
http://purl.obolibrary.org/obo/po.owl (qui nous donne visiblement la meme chose que ce qu'on a deja dans AgroPortal)
http://purl.obolibrary.org/obo/to.owl (qui nous donne visiblement autre chose)

Ou est-ce qu'on doit privilégier:
https://github.com/Planteome/plant-ontology
https://github.com/Planteome/plant-trait-ontology

Visiblement pour PTO, les différents fichiers ne donne pas la même chose et on se retrouve avec 3 ontologies différentes pour PTO:
http://bioportal.bioontology.org/ontologies/PTO/?p=classes&conceptid=root
http://stageportal.lirmm.fr/ontologies/TO/?p=classes (appelle TO juste pour le test)
http://stageportal.lirmm.fr/ontologies/PTO/?p=classes

Pierre tu aurais des éléments ?

This tracker is to follow the inclusion of the 3 ontologies in AgroPortal.
Assigned to Anne to report last tentatives...; teh we will track here updates.

Demander par Elisabeth:
créer un champ qui explique comment citer facilement l'ontologie pour les personnes qui souhaitent utiliser une ontologie dont ils ne sont pas propriétaires

Problème d'affichage des vocabulaires proposés par Catherine R.
Hypothèse : mauvaise prise en charge par le portail

The EU project Valerie (VALorising European Research for Innovation in agriculturE and forestry) has produced an intersting public deliverable to review for AgroPortal.

It would be great to have two lists

1. resources in rdf format ;
2. others resources (those ones will be registered with metadata only)

The Breeding API specifies how to return Traits & Observation Variables
http://docs.brapi.apiary.io/#

For a given ontology, we can have the /classes service
http://data.agroportal.lirmm.fr/documentation#Class
that returns classes aggregated in a certain way that (variable=trait+method+scale) to be compliant with the Breedding API

We can do that in our Tomcat/Java servlet while post-processing the result of /classes service
http://services.agroportal.lirmm.fr/

Basically, it means deploying a new service:
http://services.agroportal.lirmm.fr/brapi/v1/traits
http://services.agroportal.lirmm.fr/brapi/v1/traits/id
http://services.agroportal.lirmm.fr/brapi/v1/variables/datatypes
http://services.agroportal.lirmm.fr/brapi/v1/variables
http://services.agroportal.lirmm.fr/brapi/v1/variables/id

See spec on Breeding API web site.

A voir avec Patrice et Stephane si c'est ok.
Je pense que Vincent a deja l'URL de pull.
Faudra compléter les autres metadonnées

Pour permettre 1) une meilleure orientation des utilisateurs au sein du portail et 2) faciliter l’appropriation d’AgroPortal par les communautés par des rappels de leurs identités graphiques respectives

Cela pourrait inclure des logos, des images, une CSS particulière, etc.

We had an interesting remarks from our AgroPortal:
It would be interesting to have a “Change tab” (by the side of the Summary, Classes, Properties… ) that for a given ontology will display in a nice user friendly UI the changes between the versions of ontologies. Concepts added/removed/completed, etc…

As of now, someone has to drill into each diff file, when they are available to figure out exactly what have changed in his/her preferred ontology.
At least for general differences, they must be some kind of generic UI… then for very specific changes, maybe just a display of the diff file to complete…

On a un cycle pour certiane ontologie:
Notre pull URL est notre service REST a nous:

E.g. NCBITAXON
La pull URL est
http://data.agroportal.lirmm.fr/ontologies/NCBITAXON/submissions/6/download?apikey=4a5011ea-75fa-4be6-8e89-f45c8c84844e

Il semblerait qu'il faille juste changer agroportal.lirmm.fr par bioontology.org et ca marche.

Idem pour
GO, ENVO, CDAO, etc....

Pour le moment, le texte explicatif de la plateforme est celui de BioPortal, sorti de la boite.
Nous devons le changer pour l’adapter a notre projet
Je viendrai mettre les specs de texte pour chaque page ici:

https://docs.google.com/document/d/1RZc7U4pjhEzPAFJhz32oEpkAQNHdchwyusLeu-VoLsE/edit

They really use "TO" as their acronym for IDs etc.
In AgroPortal we should alos use TO for http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/PTO/

Page Browse, la selection des formats bug: on ne peut plus filtrer par format.
Idem sur SIFR et stage. Cela doit venir du changement de modele des metadata.

For the ontologies that are Trait Definition, the Crop Ontology project (Cyril & Marie) have defined a template for import/export:
http://www.cropontology.org/TD_template_v5.xls

The enhancement consists in changing the XLS export available in AgroPortal (Summary>Submissions>Download) to actually follow the TD_template_v5

@jvendetti has pointed us to the appropriate code on the NCBO GitHub:
The class that generates the CSV is here:
https://github.com/ncbo/ontologies_linked_data/blob/master/lib/ontologies_linked_data/utils/ontology_csv_writer.rb

The CSV is generated during the ontology indexing process. Look at the index method in ontology_submission to see where the code is called:
https://github.com/ncbo/ontologies_linked_data/blob/master/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb#L801

And display a hiearchy like the one on cropontology.org

Sur AgroPortal. Loggé admin.
Je viens de changer a la main ces propriététés pour Biorefinary et c'est les URI qui s'affichent desormais dans l'UI.
http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/BIOREFINERY

Pour info: idem pour la propriété natural language. C'est l'URI qui s'affiche. Faudrait que ce soit le nom de la langue en anglais.

La hiérarchie apparait comme flat tandis qu'il y a des relations is-a dans l'ontologie.

Même si on affiche pas exactement la même hiérarchie que :
http://www.cropontology.org/ontology/CO_325/Banana
Car on n'affiche pas les relations methd_of dans la hiérarchie, on doit pouvoir afficher le début de la hiérarchie qui est is_a

Par contre les méthodes e.g.,
http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/CO_325/?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FCO_325_0000094&jump_to_nav=true
N'ont pas de relation is-a (c'est bizarre d'ailleurs que ne spécialise pas une classe plus générale)... donc elles devraient apparaitre flat.

Faut aussi voir ce que devienne les scale_of : les termes n'existent pas chez nous
http://www.cropontology.org/terms/CO_325:0000095/scale%20of%201%20to%202
ou Days

Faut regarder ce qui se passe dans les fichiers soumis et générés.

A noter sur CO_320 (Rice) cela ne se passe pas.La partie de la hiérarchie qui existe est bien présenté.

Le texte de commentaire en haut de page contient un bug. Il doit manquer une blaise dans le HTML.
tyle="padding:10px;margin:10px; border:1px solid #EFEFEF;"> A