关于代码复现与实现中的问题 about relphormer HOT 10 CLOSED

您好，这个工作是2年前做的，可能之前整理的代码遗漏了一些bug，马上会有同学回复您的问题。

from relphormer.

您好！请问：

1. 在运行fb15k.sh时，现有的项目中导入没有找到Relphormer，请问怎么解决呢？
   具体显示如下：
   Traceback (most recent call last):
   File "main.py", line 149, in
   main()
   File "main.py", line 77, in main
   parser = _setup_parser()
   File "main.py", line 54, in _setup_parser
   model_class = _import_class(f"models.{temp_args.model_class}") # 通过 _import_class 函数，从 'models' 模块导入指定类，类名由 temp_args.model_class 提供
   File "main.py", line 24, in import_class
   class = getattr(module, class_name)
   AttributeError: module 'models' has no attribute 'Relphormer'
2. 文章中提到了Structure-enhanced self-attention，在代码运行过程中，只发现了使用algos.floyd_warshall获取到了最短路径，但后续代码处理尤其是在huggingface_relformer模型文件中并没有找到相关的使用步骤，请问具体在什么地方实现的呢？
3. 同样的提到的使用了contextual_loss，也没有找到相关实现，请问具体在什么地方实现的呢？
   谢谢！！！

您好，我粗略看了一下，因为不是我开发的不知道回答是否准确仅供您参考。开发同学因有急事近期可能无法直接回答您的问题，非常抱歉。

问题2：
https://github.com/zjunlp/Relphormer/blob/main/data/processor.py#L920

from relphormer.

您好呀，非常抱歉给您带来困扰呀

1. 关于attributeError: module 'models' has no attribute 'Relphormer'的问题，应该是文件或者模块命名的问题，我们这边会尽快修改更新；
2. 关于algos.floyd_warshall处理结果，如上个回复所示，是作为参数传到了transformer的模块里面；
3. 关于contextual_loss，复现实验中我们发现加上对比学习loss之后模型在一些比较大的图谱上迭代收敛速度会很慢；为了快速得到论文中接近的实验结果，当前版本并没有包含，后续我们会整合成可选择的模块；

from relphormer.

您好，如果您还有其他问题欢迎随时提问，这个项目有点历史悠久了，非常抱歉给您带来了不便。

from relphormer.

非常感谢您的解答！关于问题2我注意到在生成最短路径之后是作为distance_attention作为feature，经过处理后传入到了transformer模块中（https://github.com/zjunlp/Relphormer/blob/7ad8823d521b37f23f1fa142c7699460a7e3de75/lit_models/transformer.py#L125），但是在huggingface_relphomor.py文件中并没有找到关于distance_attention的特殊运用（https://github.com/zjunlp/Relphormer/blob/7ad8823d521b37f23f1fa142c7699460a7e3de75/models/huggingface_relformer.py#L927），请问这个与文章中提到的Structure-enhanced self-attention有关呢？同时请问Structure-enhanced self-attention具体是在哪部分代码中实现的呢？再次感谢您的解答！

from relphormer.

非常感谢您的解答！关于问题2我注意到在生成最短路径之后是作为distance_attention作为feature，经过处理后传入到了transformer模块中并且是作为attention_mask参数传入的（https://github.com/zjunlp/Relphormer/blob/7ad8823d521b37f23f1fa142c7699460a7e3de75/lit_models/transformer.py#L125），但是在huggingface_relphomor.py文件中并没有找到关于attention_mask的特殊运用，请问这个特殊的attention_mask是否与文章中提到的Structure-enhanced self-attention有关呢？同时请问Structure-enhanced self-attention具体是在哪部分代码中实现的呢？再次感谢您的解答！

您好，self-attention中有一个attention mask，这个是transformers的标准模块，可以控制token和token之间是否可见，structure信息已经通过attention mask传进去了。

from relphormer.

非常感谢您的解答！关于问题2我注意到在生成最短路径之后是作为distance_attention作为feature，经过处理后传入到了transformer模块中并且是作为attention_mask参数传入的（https://github.com/zjunlp/Relphormer/blob/7ad8823d521b37f23f1fa142c7699460a7e3de75/lit_models/transformer.py#L125），但是在huggingface_relphomor.py文件中并没有找到关于attention_mask的特殊运用，请问这个特殊的attention_mask是否与文章中提到的Structure-enhanced self-attention有关呢？同时请问Structure-enhanced self-attention具体是在哪部分代码中实现的呢？再次感谢您的解答！

您好，self-attention中有一个attention mask，这个是transformers的标准模块，可以控制token和token之间是否可见，structure信息已经通过attention mask传进去了。

感谢您的解答！由于现在无法复现kgc finetune部分的训练，所以没能看到完整的distance_attention的计算流。目前我看到的distance_attention是通过algos.floyd_warshall计算之后得到的其中中矩阵参数代表节点之间最短路径长度，随后作为feature并进行padding，padding中似乎是以-inf作为value的。数据进入模型之后，在BertModel中赋值给了extended_attention_mask并作为attention_mask直接传入encoder中，encoder中直接使用softmax进行计算，感觉这个计算方式与论文中提到的Structure-enhanced self-attention计算方式不太一样呢TAT。我的理解或许太浅显了，还希望能够解答一下！非常感谢！！！

from relphormer.

目前在传入bert module里面的structure bias，我们这边对结构特征做了归一化之后作为参数传入进去；
这边其实是一个超参数设置，您可以额外设置一个线性层对structure bias做一层网络的映射，或者作为参数覆盖直接传进去；
当前开源的实现方式是直接归一化特征传入进去的，也可以根据实际情况做更复杂的特征处理（比如添加线性层，或者取邻接矩阵的多次方）；
最后padding都是-inf作为value的，因为不参与具体的attention计算；

抱歉目前这个代码可能框架太老了，所以比较难读；如果您这边后续要进一步的验证，最好使用最新的huggingface的transformer做更改。

具体可以加微信（bizhen_zju）交流呀

from relphormer.

您好，这部分主要对应论文的公式3，structure信息就是那个phi偏置项，通过attention mask是最简单的实现，这个技术在多个相关论文里都有介绍的，例如您可以参阅Do Transformers Really Perform Bad for Graph Representation?

from relphormer.

非常感谢您的解答！！！应该是我的理解还不够深！！！谢谢！！！

from relphormer.