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analise-exploratoria-dados_covid19br

Análise exploratória dos dados da COVID-19 no Brasil, usando as principais ferramentas da linguagem python.

analise_dados_vacinacao_covid19_sql_e_python

Este material tem o propósito de aprendizagem, com o intuito de colocar em prática conceitos sobre a linguagem SQL, Python e análise de dados.

analisys_qc_sequencing_batches

The data analysed containing sample quality control information for 300 sequencing batches. Then this data metrics were used to flag bad samples.

aprendendo_python

Este repositório foi desenvolvido com o intuito de servir para consultas rápidas de conceitos e exemplos da linguagem python.

aprendendo_r

Estes notebooks em R são um compilado dos meus estudos e pesquisa em linguagem R. Espero que ajude outros nos seus estudos também.

bash_unix_conda

Here I share with all of you, a list of usefull bash commands used in unix systems. Also, I introduce a alternative to use UNIX systems in windows PCs.

bioinfo-notebook

🔬 Bioinformatics Notebook. Scripts for bioinformatics pipelines, with quick start guides for programs and video demonstrations.

bioinformatics_tools

Here, I share notebooks, scripts and mardown files describing bioinformatics tools to analyse biological data.

dms_a-syn

dms_idct

This repository is focus on applying a different method to represent a sequence embedding, rather than averaging.

dms_ml_amp

Deep mutational scanning and machine learning uncover antimicrobial peptide features driving membrane selectivity

lncov1_transcriptome_analysis

Here we provide the pipeline used in the transcriptome analysis described in the paper "A long non-coding RNA is a key factor in the evolution of insect eusociality"

protegrin-1_slay_and_ml

W3110_PG-1 Project Workflow

rna-seq_workflow

Neste projeto descrevo diferentes parâmetros e opções para a execução de programas necessários à análise de Rna-Seq, além de incluir informações e opniões que possam facilitar a escolha da melhor opção que se adque à análise em questão.

rosalind-problems

Rosalind is a platform for learning bioinformatics and programming through problem solving. So, here I show you my way to solve those problems.

utpros

UTPROS (Ubiquitination Tail Protein stability) is a repository dedicated on modeing the protein stability under proteosome degradation using ML.

variant_call_sars-cov-2

A chamada de variantes envolve a identificação de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e pequenas inserções e deleções (indels) em dados de Sequenciamento de Nova Geração (NGS). Nesta pipeline descrevo a detecção de SNP para identificação de possíveis alterações de aminoácidos em proteínas virais.