projet vcf de l'UE système
authors : BARRY Nene Djenaba, GAMEL Nicolas version : 1.0 prérequis : python3, matplotlib installation : pas d'installation utilisation : Il faut exécuter le fichier projetVCF.py avec ou sans paramètre,le paramètre étant le nom du fichier.
question biologique: Nous nous interessons à un fichier VCF répertoriant plusieurs variants structuraux : délétions, insertions, substitutions...
Le but de ce script est de visualiser globalement un fichier vcf, il permet de:
- Extraire et tester l'entete du fichier;
- avoir une vue sur les variants par chromosome;
- selectionner une variation particulière et afficher son nombre d'occurences;
- Séléctionner un chromosome qui nous intéresse, afficher tous variants le concernant;
contraintes:
-le fichier à l'entrée doit etre un fichier.vcf; -le fichier en entrée ne doit pas etre vide; -les chomosomes qui n'ont pas une alternative de type : "\s<(.*?)[:>]" ne seront pas selectionnés;