projet vcf de l'UE système

authors : BARRY Nene Djenaba, GAMEL Nicolas version : 1.0 prérequis : python3, matplotlib installation : pas d'installation utilisation : Il faut exécuter le fichier projetVCF.py avec ou sans paramètre,le paramètre étant le nom du fichier.

question biologique: Nous nous interessons à un fichier VCF répertoriant plusieurs variants structuraux : délétions, insertions, substitutions...

Le but de ce script est de visualiser globalement un fichier vcf, il permet de:

• Extraire et tester l'entete du fichier;
• avoir une vue sur les variants par chromosome;
• selectionner une variation particulière et afficher son nombre d'occurences;
• Séléctionner un chromosome qui nous intéresse, afficher tous variants le concernant;

contraintes:

-le fichier à l'entrée doit etre un fichier.vcf; -le fichier en entrée ne doit pas etre vide; -les chomosomes qui n'ont pas une alternative de type : "\s<(.*?)[:>]" ne seront pas selectionnés;