Commencer en créant deux dossiers :

mkdir data
mkdir output

Puis lancer la ligne de commande suivante:

docker run -v $(pwd)/data:/data -v $(pwd)/output:/output tmp /data/MIX_ACs.mzML "QUERY scaninfo(MS1DATA)" --output_file /output/results.tsv

• -v local:conteneur permet de monter un dossier "local" sur le "conteneur"
• $(pwd) signifie le dossier dans lequel on travaille actuellement
• on monte un dossier data contenant les data à traiter et un dossier output pour les fichiers de resultats
• tmp est le nom de notre container massql
• /data/MIX_ACs.mzML est le nom de notre fichier mzML à traiter
• \"QUERY scaninfo(MS1DATA)\" est la query de requête de défaut dans l'exemple de massql
• --output_file /output/results.tsv est le fichier de sortie de résultats qui va être retrouvé en local car monté sur notre dossier output